L'USS Enterprise NCC-1701-D, ayant reçu un appel de détresse de son vaisseau jumeau l'USS Yamato, se dirige vers la Zone Neutre. En chemin, il télécharge les journaux de bord du Yamato. A l'arrivée de l'Enterprise, le Capitaine Varley indique à Picard que les pannes qui affectent le Yamato deviennent très inquiétantes. Il a l'impression que son spationef a décidé de se désagréger.
Il explique qu'il se trouve dans la Zone Neutre car il a localisé la planète mère des légendaires Iconiens, un peuple antique dont la technologie évoluée confine au mythe. La planète est pratiquement morte, mais le matériel qui y subsiste présente un danger pour le cas où les Romuliens le découvriraient. La transmission avec Varley cesse, et soudain le Yamato explose.
Sous le regard horrifié du personnel de l'Enterprise, un autre vaisseau se présente à portée de senseurs : un Oiseau-de-Guerre Romulien. La Commandante Romulienne Taris répond à l'appel de Picard. Elle prétend n'être pas responsable de la destruction du Yamato, mais menace d'anéantir l'Enterprise s'il ne quitte pas les lieux. Picard rétorque qu'il ne partira pas avant de savoir ce qui est arrivé au Yamato. Le vaisseau Romulien se place en occultation.
Une heure plus tard, Geordi rapporte que les sceaux magnétiques des moteurs à distorsion du Yamato ont cédé, ce qui a provoqué une rupture du noyau de distorsion. Une telle panne est normalement impossible. Geordi évoque un éventuel vice de conception des vaisseaux de Class Galaxy, Picard lui ordonne d'enquêter sans retard.
Dans l'intimité de son bureau, le Capitaine examine les journaux personnels de Varley. Un objet Iconien l'a conduit vers Iconia, où une sonde a ausculté le Yamato. Des dysfonctionnements ont empêché toute visite de la surface de la planète. Bien décidé à parachever la mission de son ami, Jean-Luc Picard met le cap sur Iconia.
A l'approche de la planète, l'Enterprise commence a subir des pannes comparables à celles qu'a connues le Yamato. Geordi est persuadé qu'elles ne sont nullement dues à un défaut de conception, mais les juge liées à la sonde Iconienne. L'Enterprise parvient à destination. Data effectue un scannage de la planète : elle est inhabitée.
Une sonde sphérique est lancée d'Iconia. Picard s'apprête à l'intercepter. De la salle de commande des machines, Geordi tente de le prévenir, mais le système de communications est en panne. Geordi se rue vers le turbolift, à l'issue d'un trajet cauchemardesque, il est projeté sur la passerelle, où il lance au Capitaine de détruire la sonde. Quelques secondes plus tard, Worf la désintègre avec les phaseurs du vaisseau.
Geordi explique que cette sonde était un émetteur-récepteur sur le point d'envoyer un programme Iconien, lequel récrirait de fond en comble celui de l'ordinateur central du vaisseau de Starfleet. L'Enterprise a déjà déchargé ce programme avec les archives du Yamato, cependant, de par la nature des zones de mémoire concernées, son expansion est ici plus lente. Il n'en reste pas moins que l'Enterprise est à l'évidence en grand danger d'autodestruction. Picard juge que le seul espoir est d'aller sur le site d'où a été lancée la sonde. Accompagné de Worf et de Data, il se rend à la surface de la planète.
En orbite au-dessus de celle-ci, le vaisseau Romulien se désocculte et s'apprête à tirer sur l'Enterprise, mais rien ne se produit. Riker se rend compte que l'Oiseau-de-Guerre est lui aussi affecté par de graves dysfonctionnements.
Taris tente de bluffer, mais il est clair qu'elle rencontre autant de problèmes que l'Enterprise. Une autre sonde est lancée : Riker sauve les Romuliens en disant à Taris de la détruire. Selon lui, les Romuliens ont eux aussi « contracté le virus » en surveillant le transfert des archives du Yamato.
L'équipe de Picard trouve un centre de commande pourvu d'une console centrale, puis perd le contact avec l'Enterprise. Data, exploitant les immenses ressources de sa mémoire informatisée pour reconstituer le langage Iconien, parvient à activer la console. Un éclair d'énergie foudroie la pièce, une porte apparaît comme par miracle. Les lieux figurant au-delà de cette porte changent régulièrement, Picard comprend que c'est ainsi que les Iconiens voyageaient dans l'espace. L'un de ces lieux n'est autre que la passerelle de l'Enterprise.
Data révèle qu'en activant la console, il a déclenché une gigantesque production d'énergie. Il entreprend d'enquêter à ce sujet, mais il est frappé par un nouvel éclair. Il vient d'être victime du programme Iconien qui a également touché l'Enterprise.
Picard décide d'éliminer les derniers vestiges de la technologie Iconienne. Data réussit à lui indiquer comment provoquer une surcharge énergétique qui détruira le centre de commande.
Picard renvoie Worf et Data à l'Enterprise en utilisant le portail, quant à lui, il restera pour anéantir le centre de commande. Une fois à bord du spationef, Worf transporte Data à la salle de commande des machines, mais Geordi ne peut rien faire. Data est inerte.
Pendant ce temps, sur Iconia, Picard commence à introduire dans l'appareil la séquence de codes que Data lui a donnée. Tout à coup, l'androïde s'assied. Ses systèmes se sont complètement éteints, puis se sont réactivés, effaçant ainsi le programme Iconien. Geordi se rend compte qu'il peut faire de même pour l'Enterprise.
Picard achève la séquence, alors que la pièce s'effondre autour de lui, il se réfugie sur la passerelle de le D'Deridex Romulien. Taris l'informe qu'elle ne peut désactiver le système de sabordage de son vaisseau, mais, avant que ce bâtiment ne soit détruit, le chef O'Brien réussit à mettre Picard en sûreté par téléportation.
Découvrant ce qui se produit, Riker contacte Taris pour révéler comment sauver son vaisseau. Le danger le plus pressant étant passé, l'Enterprise met le cap sur l'espace de la Fédération à vitesse de distorsion maximale.
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