L’USS Enterprise NCC-1701 reçoit un message urgent de Starfleet Command : les négociations avec les Klingons sont en passe d'échouer, et Kirk doit se diriger avec son vaisseau vers Organia, pour éviter que cette planète de grande importance stratégique ne tombe aux mains des Klingons.
Soudain, Sulu détecte un autre spationef, qui tire sur l'Enterprise, Kirk réplique et détruit l'agresseur. Le Lieutenant Uhura reçoit alors un nouveau message de Starfleet : c'est la guerre.
Lorsque l'Enterprise arrive à Organia, Kirk et Spock se téléportent à la surface. Sulu se voit confier la responsabilité du bâtiment, avec ordre de partir au cas où la flotte Klingonne ferait son apparition.
La société Organienne est comparable à celle de la période médiévale sur Terre. Les habitants ne prêtent guère attention aux visiteurs, mais un dénommé Ayelborne les accueille, il se présente comme le dirigeant du Conseil des Anciens. Il conduit Kirk à la chambre du Conseil, tandis que Spock part visiter la ville.
Kirk évoque devant le Conseil le problème posé par l'Empire Klingon : il s'agit d'une dictature, et la vie sous sa férule ne manquera pas d'être extrêmement déplaisante. Il offre aux Organiens la protection de la Fédération. Tandis que le Conseil débat de la proposition de Kirk, Spock vient annoncer au Capitaine que, selon toute apparence, la planète n'a pas progressé depuis des millénaires.
Le Conseil décline poliment l'offre de Kirk, le Capitaine propose une aide dans les domaines technologique et éducatif, mais les Organiens ne sont nullement intéressés.
Sulu contacte Kirk pour lui apprendre que l'Enterprise est en butte aux attaques des vaisseaux Klingons, le Capitaine lui ordonne de s'éloigner. L'un des membres du Conseil, Trefayne, rapporte que huit vaisseaux sont en orbite et qu'ils sont en train de téléporter d'importantes forces armées. Le Conseil décide d'assurer la protection de Kirk et de Spock en leur fournissant des vêtements locaux et en dissimulant leur équipement. Spock, que l'on ne saurait prendre pour un Organien, décide de se faire passer pour un marchand Vulcain.
Le Chef Klingon Kor fait irruption dans la Chambre du Conseil pour annoncer qu'il est désormais le Gouverneur militaire d'Organia. Le Conseil lui affirme que le nom de Kirk est Baroner. Kor ne se laisse pas abuser par la couverture de Spock, il ordonne qu'on l'emmène pour interrogatoire. Face aux objections de Kirk, Kor est satisfait de cette résistance chez les Organiens dont la passivité, la docilité et les sourires permanents l'exaspèrent. Il fait de « Baroner » son agent de liaison.
Dans son quartier général installé dans un vieux château, Kor met Kirk au courant de toutes les nouvelles lois et tandis qu'ils parlent, les gardes ramènent Spock. Les sondes mentales Klingonnes n'ont pu démentir l'alibi de Spock. Kor le laisse partir et renvoie Kirk au Conseil.
Kirk et Spock décident que les Organiens ont besoin d'apprendre à ne pas se laisser faire; cette nuit-là, ils font sauter un dépôt de munitions. Les officiers de Starfleet vont ensuite essayer de convaincre les Anciens de résister, mais Ayelborne les implore simplement de ne plus recourir à la violence.
Kor, qui a espionné le Conseil, connaît désormais la véritable identité de Kirk. Il fait prisonniers les officiers de Starfleet et exige que le Capitaine lui parle de la dispersion de la flotte de la Fédération. Devant le refus de Kirk, Kor lui donne douze heures pour revoir sa position avant d'employer sur lui les sondes mentales qui le réduiront certainement à l'état de légume.
Il est impossible de s'évader de la prison, mais, au bout de six heures, la porte s'ouvre devant Ayelborne. Il explique à Kirk et à Spock que les Organiens ne peuvent laisser les Klingons leur faire du mal, puis les ramène à la chambre du Conseil. De façon tout à fait inexplicable, ils ne rencontrent pas le moindre garde. Lorsque Kor découvre que ses prisonniers ont disparu, il tue deux cents Organiens et annonce que d'autres périront jusqu'à ce que Kirk et Spock lui soient livrés.
Ayelborne apprend à Kirk et à Spock que rien n'a changé, mais les deux officiers sont bien décidés à s'opposer à Kor : ils contraignent les membres du Conseil à leur restituer leurs phaseurs. Alors qu'ils repartent, les membres du Conseil décident de mettre un terme à ces actes certes courageux mais par trop empreints de violence.
Cette nuit-là, Kirk et Spock tentent un coup contre les Klingons, ils parviennent jusqu'au bureau de Kor, qui leur annonce qu'une flotte de la Fédération est en route et que tous les Klingons sont d'ores et déjà sous surveillance. Un groupe de gardes fait son entrée. Avant que des tirs ne soient échangés, toutes les armes deviennent insupportablement chaudes, les adversaires sont contraints de les lâcher. Le même phénomène se produit à bord des vaisseaux en orbite.
Ayelborne et Trefayne arrivent, qui déclarent ne pas pouvoir autoriser l'usage de la violence. Kirk et Kor affirment avoir le droit d'en décider par eux-mêmes. Ayelborne insiste pour que cesse la guerre.
Son image apparaît aux dirigeants de la Fédération et des Klingons : si ceux-ci refusent d'arrêter les hostilités, les Organiens paralyseront leurs forces militaires. Personne n'est mort sur Organia.
En fait, les Organiens ne sont pas des humanoïdes, ils se muent en boules d'énergie étincelantes et disparaissent. Kirk et Kor se retrouvent face au vide. La guerre n'aura pas lieu, ce que Kor regrette car elle eût été glorieuse...
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