Le Docteur expérimente une famille générée par informatique dans le holodeck, avec l'espoir que cela l'aidera à comprendre un peu mieux ses patients, mais la famille qu'il a créée semble d'une perfection bien peu réaliste. Chacun fait ce qu'on attend de lui sans jamais discuter ni contester aucune décision.
L'USS Voyager NCC-74656 met le cap sur une station spatiale, mais à son arrivée, l'équipage découvre que la station a été détruite. L'inspection des décombres révèle que le désastre s'est produit il y a moins d'une heure. On ne décèle aucune signature d'arme évidente, mais l'enseigne Harry Kim détecte une étrange perturbation subspatiale, que le Lieutenant Tom Paris entreprend de suivre.
Tandis que l'Ingénieur-Chef B'Elanna Torres opère des vérifications sur le Docteur, il lui parle de sa famille et l'invite à dîner avec Kes. Torres est horrifiée de ce qu'elle voit : les membres de la famille du Docteur sont tous de parfaits génies qui se consacrent à son bonheur.
Sa femme veut faire de son foyer un sanctuaire où, à la fin d'une rude journée, le Docteur peut oublier tous ses soucis. Pour protester contre cette absurde perfection, Torres interrompt brutalement le programme. Elle déclare au Docteur que nul n'a une telle famille, s'il veut s'informer sur la vie de famille, il lui faut être beaucoup plus réaliste. Torres propose alors de l'aider à modifier le programme.
Il semble que le sillage de particules suivi par l'USS Voyager se raréfie, soudain, une gigantesque perturbation surgit du subespace. Une panne de moteurs empêche toute fuite, mais la perturbation disparaît aussi soudainement qu'elle est apparue.
Nul à bord n'a jamais rien vu de comparable, le Capitaine Kathryn Janeway décide d'enquêter. Le Commander Chakotay rapporte qu'il s'agit d'un tourbillon astral et pense que l'on pourrait en exploiter l'énergie. Janeway donne l'ordre de scanner le subespace pour voir si l'on peut prévoir où va paraître le prochain tourbillon.
B'Elanna Torres introduit des paramètres comportementaux aléatoires et plus réalistes dans la famille du Docteur. Celui-ci est sûr de pouvoir faire face à tout, mais en rentrant chez lui, il découvre un incroyable capharnaüm. Son fils Jeffrey joue affreusement fort une insupportable musique Klingonne, sa femme sort en coup de vent pour parler à l'Ambassade Bolienne, c'est son tour de cuisiner et sa fille Bel cherche son maillet. C'est alors que quelques amis Klingons fort dissipés de Jeffrey font leur entrée.
Tom Paris trouve Torres au mess, qui lit un roman d'amour Klingon à l'eau de rose. Il décide de le lire lui aussi pour en tirer quelques enseignements, bien qu'elle le prévienne que les Klingons sont un peu plus vigoureux que la plupart des autres espèces humanoïdes.
Pendant leur repas, une nouvelle perturbation spatiale se déclare. Ils se dirigent vers la passerelle et Paris rapproche le vaisseau de façon à lancer une sonde. La télémétrie indique que la perturbation se tient à la frontière de l'espace et du subespace. La sonde disparaît, mais l'on reçoit encore ses transmissions, qui montrent qu'elle a été attirée dans une couche intermédiaire entre les deux domaines.
La perturbation engendre une quantité gigantesque de plasma, qui pourrait être précieux pour l'équipage, mais il est impossible de se servir des écopes de bussard de Voyager pour le recueillir, car leurs émissions énergétiques sont si puissantes qu'elles corrompraient les particules. Tom propose d'aller collecter le plasma en navette, ce que Janeway accepte.
Le Docteur organise une petite réunion familiale pour établir quelques règles chez lui. Il modifie le planning de conférences de sa femme, fait passer Bel dans l'équipe seconde des carrés parisees et ordonne à Jeffrey de cesser de fréquenter ses amis Klingons.
Personne n'est content, sa femme dit au Docteur qu'il aurait dû les consulter. Celui-ci est au désespoir, mais Bel lui promet qu'elle l'aime tendrement et que si cela peut vraiment lui faire plaisir, elle ira dans l'équipe de réserve.
La navette de Tom Paris entre dans le sillage du tourbillon suivant au moment où il se dissipe et se met à recueillir du plasma, mais un autre tourbillon se forme, qui l'attire en son sein. Lorsque ce deuxième tourbillon se dissipe, Paris se trouve piégé dans une couche intermédiaire entre espace et subespace. Harry Kim réussit néanmoins à établir le contact avec lui.
Le Docteur peine à se concentrer sur son travail, il avoue à Kes qu'il a des problèmes chez lui. Elle lui suggère de passer l'après-midi avec sa famille. A son arrivée, le Docteur trouve Jeffrey et ses amis s'apprêtant à accomplir une cérémonie de blessure Klingonne. Furieux, il chasse les deux Klingons, mais son fils se met à crier et lui déclare qu'il veut quitter la maison. Jeffrey est à peine sorti que le Docteur reçoit un message de son épouse lui apprenant que leur fille Bel a été gravement blessée en jouant aux carrés parisees.
Le Docteur tente de contribuer au sauvetage de sa fille, mais il ne peut malheureusement rien faire... sinon annoncer à sa femme que Bel va mourir. Son épouse s'enfuit en sanglots. Bel appelle son père, mais le chagrin est insupportable : il met fin au programme.
Paris pense que le seul moyen d'échapper à la couche intermédiaire est de voler dans l'un des tourbillons en formation, de manière à quitter le phénomène comme il y est entré. Le tourbillon qu'il choisit s'avère extrêmement vaste, Voyager résiste à grand-peine aux turbulences. On parvient à téléporter Tom Paris en sûreté quelques instants avant que la coque de la navette ne cède finalement.
C'est un Docteur très éprouvé qui traite les blessures de Tom. Il apprend à Paris ce qui est arrivé à Bel. Tom le convainc de laisser le programme suivre son cours pour véritablement apprécier la vie de famille. Ce sera en outre son unique chance de faire ses adieux à sa fille. Le Docteur réactive le programme, sa femme et Jeffrey arrivent, et toute la famille se réunit autour de Bel, la soutenant dans ses derniers instants.
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