Les Univers Parallèles semblent comme les miroirs de notre propre dimension, ils nous montrent que notre « réalité » n'est pas unique dans le Cosmos. Ces mondes parallèles illustrent souvent les différentes voies qu'aurait pu prendre l'Histoire. La notion d'Univers Parallèle est fort curieuse, qui suggère la possibilité de versions alternatives de notre propre réalité existant sur un plan dimensionnel simultané au nôtre et cependant distinct.
L'explication scientifique des dimensions parallèles repose sur des théories mises au point par des savants Humains à la fin du XXe siècle. Le développement de la mécanique quantique (ramification radicale de la physique dite « Classique ») a introduit plusieurs changements fondamentaux dans la conception de la nature même de l'Univers. La mécanique quantique s'articule autour de formules déterminant les actions des particules subatomiques et leur relation à l'Univers qui les entoure.
La théorie quantique nous intéresse tout particulièrement en ce qu'elle postule que, pour tout événement et résultat possible, il existe une réalité quantique alternative et un Univers Parallèle.
Ainsi, si une pièce lancée retombe côté pile dans cet univers, il est une réalité parallèle dans laquelle elle retombe côté face, voire sur la tranche. Tous les résultats possibles de tous les événements possibles peuvent potentiellement se produire dans un nombre infini d'Univers. A mesure que les changements prennent de l'ampleur, la nature divergente de ces parallèles s'accroît, dans une réalité alternative, cette différence peut n'être que la position d'un simple atome quand, dans une autre, le sort de la Galaxie entière peut être changé.
En 2370, le Lieutenant Worf, Officier de l'USS Enterprise NCC-1701-D, se retrouve dans une succession d'Univers Parallèles après que sa navette ait été exposée aux effets d'une fissure quantique. Worf oscille alors d'un Univers Parallèle à l'autre. A un certain stade, plus de 285.000 réalités alternatives coexistent dans le même espace. Dans un premier temps, Worf ne se rend même pas compte qu'il n'est plus dans sa propre dimension.
Parmi les réalités qu'il rencontre au cours de cet étrange voyage, il en est une dans laquelle il est Commandant en second de l'Enterprise, une autre où une fête surprise est organisée pour son anniversaire, une autre encore dans laquelle il est marié au Conseiller Deanna Troi, sans parler d'un Univers qui a vu les Borgs assurer leur domination sur la Fédération. Le niveau de flux quantique auquel Worf est soumis finit par être rectifié et le Klingon retrouve "sa" propre réalité.
Les fluctuations quantiques de ce genre ne sont pas pourtant un phénomène nouveau, et des exemples de réalités parallèles sont attestés dés le XXIe siècle. Au début de 2152, le Capitaine Jonathan Archer commandant l'Enterprise NX-01 est catapulté au XXXIe siècle par l'énigmatique membre d'équipage Daniels.
A ce moment critique de l'Histoire, Archer est évincé de sa propre temporalité, ce qui entraine de graves répercussions pour l'avenir, et même Daniels est choqué en découvrant une ville ravagée qui semble être une Terre post-apocalyptique. Par chance, la temporalité compromise parait se rétablir d'elle-même quand Archer est ramené dans son propre espace-temps.
L'année suivante, quand éclate la crise Xindie, la rencontre de l'Enterprise avec une anomalie spatiale permet à Archer d'expérimenter un futur possible où les Xindis ont bel et bien réussi à détruire la planète Terre, les rares Humains survivants s'étant disséminés dans tout le Quadrant Alpha.
En 2165, il se retrouve sur une petite colonie de Ceti Alpha V aux bons soins de son Officier en Second, T'Pol. Un traitement contre une infection d'origine parasite dont souffre Archer depuis sa rencontre avec l'anomalie qui le prive de toute mémoire à long terme sur les douze années écoulées, permet en outre de générer une implosion subspatiale qui effacera cette sinistre réalité.
L'équipage de l'Enterprise a ainsi une chance supplémentaire de prévenir la destruction de la Terre.
L'Univers Parallèle le plus documenté que rencontre Starfleet concerne l'Univers dit "Miroir" que découvre accidentellement l'équipage de l’USS Enterprise NCC-1701 en 2267.
Un détachement dirigé par James T. Kirk déclenche malencontreusement et à son insu un phénomène de flux quantique lors d'une tentative de téléportation effectuée au cours d'un orage ionique. Les membres du groupe se retrouvent "échangés" avec leurs homologues « Miroirs » d'un Univers Parallèle, un univers féroce et perverti, où un Empire Terrien brutal a supplanté une Fédération bienveillante…
Cette réalité quantique particulière s'est connectée à la réalité dite "normale" à diverses reprises au début des années 2370, à bord de la Station Deep Space Nine dans le Système de Bajor. L'évolution « barbare » de l'Univers-Miroir remonte aussi loin que le XXIe siècle, au moins au 5 avril 2063.
Mais si, on s'en souvient dans l'Univers "primaire" comme du jour où fut établi un contact pacifique avec une autre civilisation sillonnant l'espace, dans l'Univers-Miroir, ce tournant historique critique revêt une importance bien plus sinistre. Au lieu de vouloir serrer la main des nouveaux venus en signe de bienvenue, le Zefram Cochrane "Miroir" abat brutalement les visiteurs Vulcains avant que la foule des témoins de la scène n'envahisse le T'plana-Hath.
Au fil des décennies suivantes, l'Univers-Miroir continue sur sa lancée terroriste et, au milieu des années 2150, il franchit une nouvelle étape aux antipodes de sa contrepartie "primaire" quand un vaisseau de Starfleet provenant du futur, l'USS Defiant NCC-1764, traverse une interphase spatiale qui le propulse dans le passé, par delà différentes réalités.
Le Jonathan Archer "parallèle" qui se livre à une course effrénée au pouvoir s'empare alors du Defiant. On ignore quelles autres conséquences la technologie perfectionnée du vaisseau spatial capturé aura pu avoir sur l'évolution de l'Univers-Miroir, encore qu'au XXIIIe siècle les deux univers semblent suivre approximativement un développement comparable en termes de progrès technologiques. En effet, l'Univers-Miroir illustre la réalité d'une temporalité parallèle, les changements survenus par le passé altérant l'état d'un Univers tout entier.
Les contacts avec ce type d'Univers Parallèle reviennent fréquemment. Lors des missions de l'Enterprise de Kirk, le Dr Leonard McCoy a par exemple franchi le Gardien de l'Éternité (un antique dispositif de voyage temporel) pour se retrouver sur la Terre des années 1930.
En sauvant la vie de la militante des droits de l'homme Edith Keeler, le Dr McCoy crée une temporalité parallèle dans laquelle l'issue de la deuxième guerre mondiale est totalement transformée, de sorte que la FUP n'est pas créée. Cet Univers Parallèle revient à sa forme initiale lorsque Kirk permet que Keeler soit tuée dans un accident de la circulation et préserve ainsi la temporalité.
À la Date stellaire 43625, des membres d'équipage de l'USS Enterprise NCC-1701-D sont pris dans une anomalie quantique qui les fait basculer dans un univers parallèle où la Fédération et l'Empire Klingon se livrent une guerre meurtrière et prolongée. Plus tard, en 2372, 1'USS Enterprise NCC-1701-E a un bref aperçu d'une réalité quantique où la Terre (comme peut-être toute la Fédération) est sous le contrôle des Borgs.
Chacune de ces variantes de la réalité est empêchée de se dérouler dans cet Univers mais, selon la théorie des mondes multiples liée à la mécanique quantique, toutes ces temporalités divergentes auront libre cours dans d'autres Univers Parallèles, elles ne sont séparées de notre propre réalité que par le voile de l'espace quantique interdimensionnel.