Starfleet Intelligence est une division appartenant à Starfleet chargée de récolter et d’analyser les informations concernant les puissances voisines de la Fédération Unie des Planètes. Une fois rassemblées et décryptées, ces informations sont ensuite analysées par les spécialistes de Starfleet Command avant d’être soumises au Conseil de la Fédération qui prend alors les décisions nécessaires.

Une branche de Starfleet Intelligence est nommée Services des Affaires Internes, ce service garde en sa possession toutes les traces des opérations effectuées par Starfleet afin de garantir qu’aucune fuite pouvant menacer la sécurité de la Fédération n’a été créée. Starfleet Intelligence est de plus chargée de la surveillance des frontières extérieures de la FUP ainsi que des territoires internes, du contre-espionnage et de la sécurité publique.

En 2154, Starfleet Intelligence découvre que les Klingons possèdent sur la colonie Qu’vat un centre de recherches consacré à la génétique.

En 2268, SFI découvre que les Romuliens utilisent des vaisseaux affichant le design Klingon. L’Agence utilise le Capitaine James T. Kirk en lui donnant pour mission de s’introduire à bord d’un vaisseau Romulien afin d’y dérober un bouclier occulteur.

En 2369, SFI est convaincu que les Cardassiens sont sur le point de développer une nouvelle arme métagénique (arme biologique proscrite par la plupart des gouvernements) qui consiste en un virus génétiquement modifié, qui, une fois dispersé dans l’atmosphère d’une planète est capable de détruire toutes les formes d’ADN qu’il rencontre. Cette arme est capable d’anéantir toute forme de vie sur une planète, tout en laissant les infrastructures intactes.

En 2358, le Contre Amiral Pressman, ainsi que plusieurs membres importants de Starfleet Intelligence sont impliqués dans la tentative de dissimuler le développement d’un bouclier occulteur interphasique et ce, en violation du traité d’Algeron. Les faits concernant la destruction accidentelle de l’USS Pegasus, ne seront découverts que 12 ans plus tard, en 2370.

En 2371, SFI informe l’Enterprise D des agissements d’un pillard, Arctus Baran, qui écume régulièrement les différents sites archéologiques de la Fédération. La même année, SFI fait état de rapports alarmants concernant l’Empire Romulien, à la suite de quoi, l’Amiral Nakamura, place toute la flotte en alerte jaune.

Sur DS9, Benjamin Sisko fait appel à l’Agence afin d’interroger les membres du Maquis pour découvrir la destination des ogives de torpilles à photons volées sur DS9 Un peu plus tard, des faux documents de transit sont fournis à l’équipage de l’USS Defiant, afin de permettre à celui-ci de circuler au cœur du territoire Cardassien dans le but de libérer Kira Nerys.

En 2372, SFI soupçonne le Maquis de préparer le piratage d’un chargement de réplicateurs industriels destinés initialement à l’Union Cardassienne ravagée par la guerre. Ces renseignements s’avèreront exacts, pourtant SFI ne parviendra pas à découvrir le responsable de l’opération. Ce dernier, Michael Eddington, qui travaille pourtant à bord de DS9, réussira à s’enfuir en emportant tout le chargement. Cependant, un peu plus tard, les services de renseignements progressent de manière significative dans le déchiffrage des codes de communication du Maquis.

En 2373, SFI découvre que Gowron a transféré le Quartier Général Klingon sur Ty’Gokor et confirme le pacte de non agression conclut entre Cardassia et l’Empire Romulien.

Durant la Guerre du Dominion, SFI augmente son influence et devient plus puissante que jamais. L’agence joue un rôle essentiel dans la collecte des renseignements concernant les opérations menées par le Dominion et son infracstructure.

Un de leurs principaux faits d’armes est d’avoir réussi à localiser une des plus importantes batteries de senseurs du Dominion, capable d’observer les opérations alliées sur une énorme distance.

En 2374, le Vice Amiral Fujiyaki sous directeur de Starfleet Intelligence, meurt des suites d’une « intoxication alimentaire ». Il apparaît peu après que le Tal Shiar pourrait être impliqué dans cette mort plus que suspecte, mais aucune preuve formelle n’est découverte pour étayer cette thèse.

L’agent Luther Sloan, estimant que cette fois « la ligne a été franchie », décide alors de créer une section particulière et totalement indépendante de SFI, la Section 31, afin, affirme t’il, de venger la mort de Fujiyaki sans compromettre Starfleet Intelligence. Toutefois, la véracité de ses dires, reste extrêmement discutable et les circonstances exactes de la mort de l’Amiral n’ont jamais été établies….

L’agence utilise également Miles O’Brien afin de l’infiltrer dans les rangs du Syndicat d’Orion suspecté de malversations pouvant mettre la Fédération en danger. Miles O’Brien sera amené à découvrir un complot impliquant le Dominion et ayant pour but d’assassiner un Ambassadeur Klingon afin de nuire à l’alliance conclue entre les Klingons et la Fédération. Les Klingons sont alors prévenus et le complot déjoué.

C’est pourtant durant la guerre du Dominion, que SFI connaîtra son plus cuisant échec. Négligeant l’accumulation des troupes du Dominion dans le secteur de Kalandra, cette erreur de jugement aboutira finalement à l’invasion de la planète Betazed. Ne trouvant aucune opposition face à lui, le Dominion réussira à prendre la planète en moins de 10 heures, ce fut une des défaites les plus humiliantes que la Fédération ait jamais eue à subir.