L'appellation « pierre précieuse » est donnée à certaines gemmes transparentes et rares. Ces gemmes proviennent de minéraux translucides trouvés dans la roche. Sous leur forme pure, ces minéraux sont incolores. Ce sont les métaux et autres impuretés qu'ils contiennent qui leur donnent une couleur.

Parmi ces pierres précieuses, on trouve : le diamant, l'émeraude, le rubis, le saphir, la topaze, la flamme Rigelienne et la tourmaline. Une plante très particulière issue de la planète Folnar produit une résine qui au contact de l'air durcit en une forme de pierre précieuse.

Cristal de Deneva : Le cristal de Deneva est une pierre précieuse originaire de Deneva. En 2374, Quark a acquis une quinzaine de ces pierres (prétendument volées) qu'il a vendu à un entrepreneur Nausicaen pour 200 lingots de latinum plaqué or. Odo a été averti de la transaction, mais Quark s'est arrangé pour qu'il ne soit pas présent en lui organisant une soirée d'anniversaire en compagnie de Kira Nerys.

Cristal Lobi : Le cristal Lobi est une pierre semi-précieuse utilisée dans la production de bijoux de haut de gamme et d'ornements.

Cristal Maraji : Le cristal Maraji est une substance illégale provoquant une addiction. En vente sur Cardassia, selon Quark, elle n'intéressait pas les Cardassiens et les Bajorans étaient trop pauvres pour en acheter.

Cristal Tallonien : Le cristal Tallonien est une pierre précieuse originaire de la planète Tallonia. Leur commerce est illégal ailleurs que sur leur planète d'origine. Pour déterminer leur degré de pureté, l'utilisation d'un scanner Tallonien de type 4 est nécessaire.

Diamant : Le diamant est un cristal de carbone. En raison de la chaleur et de la pression considérable nécessaire pour que se forme cette pierre précieuse, elle est extrêmement rare. Cette rareté combinée avec leur beauté en fait des objets de très grande valeur et ce dans toutes les cultures. De plus, le diamant est une des substances les plus dures connues dans l'Univers, ce qui les rend très utiles pour une grande variété d'utilisation industrielles. Toutefois, il est à noter que des diamants synthétiques sont réalisables et généralement utilisés dans l'industrie, tandis que les diamants naturels sont réservés à la joaillerie.

Diamant Falangien : Le diamant Falangien est une pierre précieuse de très grande valeur originaire de Falangia

Diamant de feu Kibberien : Pierre précieuse dont le Grand Nagus Zek affirme que les yeux de Kira Nerys possèdent la même brillance.

Diamant Koladan : Les Koladans extraient ce diamant de très grande valeur de leurs mines. Cette pierre a un grand pouvoir réfléchissant ce qui leur donne un aspect étincelant.

Diamant Tarellien : Le diamant Tarellien est une pierre d'autant plus précieuse qu'elle est très rare. En 2375, Benjamin Sisko demande à Quark de lui en procurer une en vue de son mariage avec Kasidy Yates.

Emeraude : L'émeraude est une pierre très lumineuse, sa coloration verte provient de la coloration du béryl par l'oxyde de chrome. Dès le 23ème siècle, la synthèse des émeraudes, relativement simple à réaliser et les résultats de qualité élevée obtenus leur font perdre beaucoup de leur valeur.

Emeraude Zaterl : L'émeraude Zaterl est une pierre semi-précieuse, peut être mythique, sensée se trouver dans les ruines de Ligilium.

Flamme Rigelienne : La Flamme Rigelienne est un joyau de grande valeur dont la vente est illégale dans la région de l'espace située à proximité de Mutara.

Jevonite : La jevonite est une pierre minérale rare dont la réputation dit qu'elle est "à couper le souffle" La première civilisation de Cardassia a produit de magnifiques artefacts à partir de la jevonite, malheureusement, la plupart de ces objets ont été pillés.

Joyau de Thesia : Le joyau de Thesia a été un élément primordial du patrimoine national de la planète Straleb. En 2365, un conflit est près d'éclater lorsque le Joyau de Thesia est dérobé par Okona qui, est accusé en outre d'avoir séduit Yanar la fille du dirigeant de la Planète Altec. Après une confrontation, impliquant un vaisseau de la Fédération l'USS Enterprise-D, un vaisseau Altec et un vaisseau de la sécurité Straleb, il est révélé que le Joyau de Thesia était destiné à Yanar de Benzan, l'héritière légitime du Joyau.

Opale : Silice hydratée ou gélatineuse d'un blanc laiteux et bleuâtre, à reflets irisés. De nombreux Peuples de la galaxie la considèrent comme pierre précieuse et l'utilsent en joaillerie.

Radan : Voir cristal Dilithium/Matières précieuse

Rubis : Le rubis est une pierre précieuse de qualité, un corindon rouge. Sa couleur est due à des inclusions de chrome. Dès le milieu du 23ème siècle, la technologie standard permettait de synthétiser les rubis en grande quantité en cas de besoin, réduisant considérablement leur valeur.

Saphir : Le saphir est une pierre précieuse de qualité, un corindon est généralement bleu. Mais on le trouve également dans d'autres teintes, en fonction de la quantité de fer, de titane, de vanadium et autres substances qu'il contient. Toutefois, le terme saphir est généralement appliqué à la teinte d'un bleu profond. Dés le milieu du 23ème siècle, la technologie standard permettait de synthétiser les saphirs en grande quantité en cas de besoin, réduisant considérablement leur valeur.

Spican Flame : La Spican Flame est une pierre de faible valeur, utilisée générale dans le commerce de bas de gamme.

Topaze : La topaze est une pierre précieuse.

Tourmaline : La Tourmaline est une pierre naturelle originaire de la planète Terre.