Le Docteur, activé par une alerte rouge, apprend bientôt qu'il est absolument seul à bord du vaisseau. Il s'apprête à se désactiver quand B'Elanna Torres surgit dans l'infirmerie. Elle lui annonce que le Capitaine a besoin de son aide, et l'envoie sur la passerelle de commandement au moyen de holo-projecteurs récemment installés.
Une fois que le Docteur a ranimé Janeway, ils sont contactés par Neelix, qui lance des appels à l'aide désespérés. Janeway transfère le médecin au mess, où il découvre Neelix aux prises avec un Kazon. A deux, ils ont raison de l'assaillant
Le Docteur, qui s'est coupé dans la lutte, se met à saigner. Persuadé d'être en panne, il regagne l'infirmerie, mais l'ordinateur déclare n'avoir pas connaissance d'un PHMU (programme holographique médical d'urgence).
Un homme survient, qui se présente au Docteur comme son assistant, Reginald Barclay. Il explique que le Docteur est en fait le Dr Lewis Zimmerman, coincé dans un holodeck défectueux. Des radiations provoquent en lui une confusion mentale. Pour se libérer, il doit mettre un terme à la simulation en détruisant l'USS Voyager.
Sceptique, le Docteur se rend dans la salle de commande des machines, où il supprime la mémoire holographique, jugeant que, s'il est un hologramme, cela le détruira lui aussi.
Le Docteur survit, mais la salle des machines, censée être holographique, est également intacte ! Barclay indique au Dr Zimmerman qu'il n'a fait que détruire un hologramme, puis l'exhorte à anéantir le vaisseau en tirant sur le noyau de distorsion.
Au moment où il va tirer, Chakotay apparaît. Il explique au médecin qu'il est bloqué dans un holodeck défectueux, mais que, s'il détruit la simulation, il s'annihilera lui-même. Entre alors Kes, qui lui dit être sa femme. Le Docteur n'en peut plus il s'effondre.
Tout à coup, le Docteur se retrouve à l'infirmerie, ses problèmes ne sont pas terminés, car des personnages lui apparaissent de façon aléatoire. Il se retourne... et se trouve dans un holodeck, où le Capitaine Janeway explique que les expériences qu'il a traversées étaient des illusions provoquées par un afflux de radiations.
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