Tom et B'Elanna enquêtent sur d'étranges signatures énergétiques quand deux êtres d'une espèce inconnue se téléportent brusquement à bord de leur navette et les abattent.
De retour à bord de l'USS Voyager NCC-74656, B'Elanna est consciente, mais Tom ne réagit pas au traitement. Le Docteur ne se souvient pas comment l‘aider. ll ne parvient à réaliser la procédure à suivre que grâce à Kes : ses circuits mémoire se détériorent. L'équipage pourrait le réinitialiser, mais alors il oublierait tout ce qu'il a appris au cours de ces deux dernières années.
Neelix sait que les inconnus protègent farouchement leur territoire, mais Chakotay et Kim parviennent à leur passer sous le nez sans se faire repérer. Pendant ce temps, B'Elanna transfère le Docteur dans le holodeck et active son programme de diagnostic, qui comprend une version holographique de son créateur, le Docteur Zimmerman.
Voyager détecte des milliers de vaisseaux, mais réussit à franchir la frontière sans attirer leur attention.
Le diagnostic annonce que le hologramme du Docteur est actif depuis trop longtemps, deux ans au lieu de quinze mille heures, et qu'il a consacré trop de mémoire a sa personnalité en devenir.
Voyager découvre un vaisseau endommagé appartenant aux inconnus et téléporte à son bord l'unique survivant. Il meurt à l'infirmerie. L'essaim de vaisseaux est à présent alerté : ces appareils emploient des pulsations interférométriques pour désemparer les boucliers de Voyager et renvoyer contre lui ses tirs de phasers.
L'état du Docteur empire, mais Kes réussit à obtenir que le programme de diagnostic greffe sur lui sa matrice.
L'essaim se fixe sur la coque de Voyager, puis les aliens entreprennent de passer à l'abordage au moment où Voyager décoche un rayon de phaser, qui remonte les pulsations et détruit les assaillants.
Une fois la procédure de greffe achevée, Kes réactive le Docteur qui, après avoir apparemment échoué à reconnaitre Kes ou B'Elanna, se met à chanter un air d'opéra : il semble bel et bien avoir retrouvé ses capacités !
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