Kathryn Janeway et Chakotay, à bord d'une navette, discutent de choses et d'autres, quand soudain ils sont pris dans des turbulences atmosphériques. La navette étant gravement endommagée, ils sont contraints d'effectuer un atterrissage d'urgence.
Une fuite de gaz hydrazine se déclare, et Janeway, blessée, perd connaissance. Chakotay porte le Capitaine hors de la navette, la dépose dans un lieu abrité et tente désespérément de la ranimer. Il finit par y parvenir en lui administrant un puissant stimulant.
Janeway l'envoie chercher des rations et des couvertures dans la navette, cependant qu'elle règle son communicateur afin de faire parvenir un signal de localisation. Chakotay observe des brûlures de phaseur sur la coque, aussi Janeway désactive-t-elle son appareil, des scannages de tricordeur montrent que les armes utilisées étaient Vidiiennes. Les officiers de Starfleet détectent un groupe de Vidiiens, puis ils sont encerclés et attaqués par les aliens, l'un d'entre eux entreprend d'étrangler Janeway.
Tout à coup, Kathryn Janeway se retrouve de nouveau à bord de la navette, plongée dans la même discussion avec Chakotay. Ils supposent qu'ils ont été pris dans une sorte d'anomalie temporelle. L'USS Voyager NCC-74656 est hors de portée, les deux officiers tentent de modifier le cours des événements en ne se posant pas sur la planète, mais un vaisseau Vidiien apparaît qui les attaque. Malgré leur riposte, ils sont submergés.
Quelques secondes plus tard, de retour dans la navette, ils sont probablement pris dans une boucle temporelle, qu'ils décident de dissiper au moyen d'un flux de tachyons. Cette fois, deux vaisseaux Vidiiens font leur apparition.
Janeway active le flux de tachyons, les vaisseaux aliens disparaissent. La navette regagne Voyager. Janeway et Chakotay se rendent sur la passerelle. L'équipage, qui n'a pas décelé la moindre anomalie temporelle, accueille avec perplexité les références de Janeway à une boucle temporelle. Chakotay lui-même ne semble avoir aucun souvenir des attaques répétées.
Le Capitaine Janeway ordonne que l'on procède à des scannages temporels, tandis qu'elle se rend à l'infirmerie. Le Docteur l'ausculte, puis déclare qu'elle a contracté le phage et suggère que cette maladie pourrait provoquer des hallucinations. Il la retient à l'infirmerie et dresse un biochamp de force autour d'elle.
Lorsque Janeway se réveille, quarante heures plus tard, le Docteur lui annonce qu'elle est atteinte d'une forme virulente du phage et en conclut que l'euthanasie s'impose. Il remplit le champ de force d'une toxine neurale qui va la tuer. Elle tente de le désactiver, mais l'ordinateur ne reconnaît pas ses codes de sécurité. Elle s'étrangle et s'effondre.
Janeway se retrouve avec Chakotay à bord de la navette. Ils voient une lumière vive qui les attire. Chakotay propose de foncer dedans, mais Janeway s'y refuse. Soudain, elle est debout au-dessus de son propre corps sans connaissance. Chakotay tente de la ranimer, en vain cette fois.
Janeway essaie de toucher Chakotay, qui à l'évidence ne la voit pas. Il contacte Voyager pour apprendre à l'équipage la mort de Kathryn Janeway, une navette arrive, qui ramène son corps à bord. Janeway voit le Docteur et Kes réussir à la réanimer, mais malgré tous leurs efforts elle meurt derechef.
Janeway voit tout ce qui se passe, mais ne peut communiquer ni avec l'ordinateur ni avec quiconque. Elle parvient finalement à prévenir Kes de sa présence en la traversant, l'équipage se lance à sa recherche.
Janeway voit Harry Kim et B'Elanna Torres dans la Salle des machines quand une lumière vive apparaît, son père en surgit. Il est mort depuis quinze ans, aussi est-elle persuadée qu'il s'agit d'une hallucination ou du fruit de son imagination. Il lui annonce qu'elle est morte et explique que lorsque quelqu'un meurt brutalement, sa conscience n'est pas toujours prête à lâcher prise.
Le « fantôme » de son père sait tout d'elle, et pourtant elle n'est toujours pas convaincue. Il lui dit qu'elle doit cesser de s'accrocher à ce monde et faire le premier pas vers une existence suivante. A l'en croire, l'équipage ne parviendra pas à la trouver et finira par abandonner.
Janeway est déterminée à communiquer avec l'équipage, mais Kes ne réussit pas à la détecter de nouveau, même avec l'aide de Tuvok. Au bout de trois jours, l'équipage abandonne en effet les recherches, Kathryn Janeway et son père assistent aux obsèques. Une fois la cérémonie achevée, ce dernier lui propose de venir avec lui. Il lui suffit de décider de partir. Elle répond qu'elle préfère être ici par l'esprit que de n'y être pas du tout, puis s'irrite de ses efforts répétés pour la convaincre.
Tout à coup, Janeway voit Chakotay et le Docteur penchés sur elle. Elle réalise qu'il s'agit véritablement d'elle et que tout le reste était hallucination. Son père lui répète qu'elle nie la vérité, mais elle se rend compte qu'il ne peut s'agir de son père, car l'homme qu'elle a connu n'a jamais essayé de la contraindre, elle a sans doute affaire à une entité alien.
Son « père » reconnaît que son espèce survient juste avant la mort « pour faire du passage un moment de joie ». Il lui indique qu'elle va rejoindre sa matrice, lieu d'émerveillement et de bonheur.
Kathryn n'est pas du tout convaincue, l'alien la saisit, mais elle s'aperçoit qu'il ne peut l'emmener si elle ne l'accepte pas. L'alien, frustré, lui déclare qu'il attendra qu'elle meure, et alors elle le « nourrira » pendant très longtemps.
Le Capitaine Kathryn Janeway reprend peu à peu connaissance. Chakotay, Tuvok et le Docteur lui expliquent qu'elle a été blessée au cours d'un accident de navette et qu'une entité alien a complètement envahi son cortex cérébral, les empêchant de la traiter comme il se devait. Le Docteur lui avoue qu'il a cru à plusieurs reprises l'avoir définitivement perdue, mais qu'à chaque fois son organisme a lutté courageusement pour lui permettre de survivre.
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