Nombre d'officiers de Starfleet estiment que les Cardassiens n'ont pas respecté le traité concernant la création de la Zone Démilitarisée, et que la réaction de la Fédération n'a pas été à la hauteur. Lorsque ces officiers se trouvent engagés dans une guerre contre d'anciens colons de la FUP bien décidés à défendre leur foyer et la vie des leurs, ils choisissent souvent de quitter Starfleet pour rejoindre les rangs du Maquis.

Le Commander Calvin Hudson en est un exemple parfait. Après la mort de sa femme, il est affecté à la Zone démilitarisée en tant qu'Officier de liaison de Starfleet. Sa mission consiste à aider les colons à faire face à leur nouvelle situation, mais il se rend vite compte que les Cardassiens font tout ce qui est en leur pouvoir pour contraindre les colons de la Fédération au départ.

Il apprend que le Haut Commandement Cardassien fournit secrètement des armes aux colons Cardassiens, en violation des termes du traité. Selon lui, toute mesure que pourrait prendre Starfleet serait inefficace. Hudson juge que le traité est caduc, les Cardassiens n'ayant nulle intention de l'honorer.

Hudson se lie avec un groupe de colons qui a constitué le Maquis. Lorsque ces rebelles passent à l'action en détruisant un cargo Cardassien, le Bok'Nor, et en enlevant Gul Dukat, Hudson quitte Starfleet et devient un personnage influent de cette organisation. Hudson n'est que le premier de nombreux Officiers de Starfleet à rejoindre le Maquis.

Le Lieutenant Ro Laren est une Bajorane qui a une expérience directe de la brutalité Cardassienne. Dans son enfance, elle a été contrainte d'assister à la mort de son père, torturé par des soldats Cardassiens. Des années plus tard, elle est chargée d'infiltrer le Maquis. Lors de cette mission, elle devient très proche de Macias, dirigeant du Maquis vivant dans la Zone Démilitarisée. Après qu'il ait été tué lors d'une agression Cardassienne, elle s'estime incapable de continuer à attirer le Maquis dans un piège tendu par la Fédération elle quitte alors Starfleet pour rejoindre le Maquis.

Les services de renseignements du Maquis semblent plus efficaces que ceux de Starfleet. Toutefois, les rebelles sont souvent mal équipés pour passer à l'action. Ils apprennent que l'Ordre Cardassien de l'Obsidienne bâtit une flotte secrète, un des leurs, Thomas Riker, s'empare alors de l'USS Defiant NX-74205 pour lancer une attaque.

Riker a ses raisons propres pour rechercher la gloire : à la suite d'un incident de téléportation, il a un double, William Riker. Or, alors que William s'illustrait au sein de Starfleet, Thomas était retenu sur une planète inhospitalière. Les renseignements du Maquis étaient exacts. Après avoir dévoilé l'existence de la flotte secrète et fait éclater les rivalités entre l'Ordre de l'Obsidienne et ses adversaires au sein des forces militaires Cardassiennes, Riker est capturé par les Cardassiens et condamné à la prison à perpétuité sur Lazon II.

A mesure que le conflit se poursuit dans la Zone démilitarisée, les défections d'officiers de Starfleet se multiplient. Parmi eux, le Lt-Cder Chakotay, d'origine Amérindienne, issu d'une colonie de la Zone démilitarisée. Son père a été tué en combattant les Cardassiens, Chakotay lui-même démissionne de Starfleet pour devenir un important dirigeant du Maquis. Dans ce rôle, il se joue à la fois de Starfleet et des Cardassiens. Il est porté disparu avec tout son équipage après que leur vaisseau, le Zola, disparaît dans les Badlands.

Le Maquis constitue souvent un refuge pour ceux qui cherchent à se rendre utiles en luttant pour une cause. L'équipage de Chakotay comprend une femme mi-Humaine, mi-Klingonne du nom de B'Elanna Torres. Elle a suivi l'enseignement de l'Académie de Starfleet durant un an avant d'abandonner ses études car elle se sentait incapable de répondre aux exigences de Starfleet. La lutte au sein du Maquis satisfait sa partie Klingonne et elle est convaincue de la justesse de la cause qu'elle défend.

Chakotay a également eu des rapports avec Tom Paris, ex-officier de Starfleet dont l'entrée dans le Maquis est, en partie au moins, due au fait qu'elle lui donne l'occasion de piloter un vaisseau. Paris, qui affirme ne pas vraiment s'intéresser à la cause du Maquis, est capturé au cours de sa toute première mission.

L'une des défections les plus graves pour la flotte fédérale est sans doute celle du Lt-Cder Michael Eddington, Chef de la Sécurité de la station Deep Space Nine. Eddington, qui e eu accès à quelques informations privilégiées, orchestre le vol de plusieurs réplicateurs industriels destinés à des mondes Cardassiens. Le Capitaine Benjamin Sisko, Commandant de Deep Space Nine, s'estime personnellement trahi. Il mettra un point d'honneur à traquer Eddington.

La plupart des transfuges restent fidèles à des principes fondamentaux, ils refusent de participer à certains types d'actions menées par le Maquis, mais Eddington ne possède pas ce genre de scrupules. Sous son commandement, une cellule du Maquis entreprend d'empoisonner l'atmosphère de plusieurs planètes de la Zone démilitarisée, afin de les rendre complètement inhabitables pour les Cardassiens.

Alors que les forces Cardassiennes ont souffert d'une terrible attaque Klingonne sur leur propre territoire, le Maquis marque des points contre les colons Cardassiens. Michael Eddington finit par se rendre, après que Benjamin Sisko s'est mis à empoisonner l'atmosphère de planètes du Maquis.

Bien que le fait de quitter Starfleet pour rejoindre le Maquis soit considéré comme un acte de trahison, de nombreux Officiers de la flotte éprouvent une vive sympathie pour ceux de leurs collègues qui ont déserté.

Pourtant, aussi justifiées les actions du Maquis soient-elles, Starfleet ne peut en aucun cas accepter sa tactique de recours systématique à la violence.

Banque de données

• La destruction d'un cargo cardassien, le Bor'Nor, constitue la première action ouvertement agressive du Maquis. Les rebelles croient que ce vaisseau transporte une cargaison d'armes.
• Après que Tom Riker a apporté la preuve de l'existence de la flotte secrète de l'Ordre Cardassien de l'Obsidienne, celui-ci lance une violente attaque contre le Dominion : la flotte sera détruite lors de cette opération.