La discipline en vigueur dans les rangs de Starfleet revêt un certain nombre de formes, qui vont des réprimandes aux rétrogradations, de courts séjours en cellule aux longues incarcérations. Même les Officiers les plus gradés ne sont pas à l'abri des mises en examen et des condamnations.

Le maintien de la hiérarchie au sein d'une organisation telle que Starfleet est d'une importance vitale. Cela requiert une déférence institutionnalisée envers l'autorité, l'ancienneté et les procédures. Pour cette raison, les protocoles mis en place servent à pénaliser les contrevenants.

Pour ce qui est de discipliner les personnels de Starfleet, nombre d'options existent, le plus souvent laissées à la discrétion de l'Officier en charge. La forme qui prévaut en général est une simple réprimande verbale. Un membre d'équipage fautif peut aussi faire l'objet d'un rapport disciplinaire, ordinairement pour une infraction mineure, ou un manque d'application et de zèle flagrant.

La répétition de tels rapports risque d'attirer l'attention du Capitaine, comme c'est le cas avec le Lieutenant Reginald Barclay à bord de l'USS Enterprise NCC-1701-D en 2366 et d'ex-agents du Maquis à bord de l'USS Voyager NCC-74656 en 2371. Le Capitaine Jean-Luc Picard prie son Ingénieur en Chef de redoubler d'efforts vis-à-vis de Barclay, et le Capitaine Kathryn Janeway ordonne qu'on soumette les individus posant problème à un entraînement particulier. Certaines réprimandes peuvent entraîner des conséquences plus graves pour le sujet.

Le Lieutenant Ben Finney a été réprimandé et ramené en bas de la liste des promotions suite à un rapport déposé par l'Enseigne James T. Kirk à bord de l'USS Republic NCC-1371. Cette pénalisation reflétait la gravité de la négligence de Finney, qui avait laissé ouvert un circuit du réacteur nucléaire, mettant en danger le vaisseau tout entier.

En 2374, Worf s'entend signifier qu'on n'envisagera sans doute jamais de lui confier son propre commandement, puisqu'il a tourné le dos à une mission vitale en voulant sauver sa femme, le Lieutenant-Commander Jadzia Dax... Dax et lui ne partiront plus en mission sans être dûment encadrés.

Les Capitaines ont aussi la possibilité de relever des membres d'équipage de leurs fonctions pendant une période donnée, et notamment en cas d'indiscipline ou d'insubordination caractérisées. S'il s'agit de graves infractions, l'Officier incriminé sera confiné dans ses quartiers.

A bord de l'Enterprise NX-01, en 2154, le Lieutenant Malcolm Reed subit ce sort ignominieux lorsque le Capitaine Jonathan Archer découvre que son Officier Armurier a tu des informations essentielles à la réussite de leur mission.

Cette sentence est prononcée contre le Commander William T. Riker sur ordre du Capitaine Edward Jellico en 2369, et contre le Commander Chakotay au début de l'année 2376. Dans les deux cas, l'Officier en Second s'est ouvertement opposé au jugement du Capitaine. Être jeté au cachot reste la forme de punition la plus grave.

La situation insolite de Voyager, qui se trouve à des milliers d'années-lumière de Starfleet Command, limite les options disciplinaires qui s'offrent au Capitaine Kathryn Janeway. Faire un rapport disciplinaire sur un membre d'équipage déméritant est davantage une réprimande d'ordre purement psychologique qu'autre chose, mais dans bien des cas, cela suffit.

Pendant les douze mois qui suivent sa libération du Collectif Borg, Seven of Nine pose également problème, dans la mesure où elle refuse de souscrire à certains protocoles et principes. Janeway ferme les yeux sur des incidents mineurs. Mais, au milieu de l'année 2374, lorsque Seven désobéit à un ordre direct, le Capitaine réprimande l'ex-drone et restreint son accès aux systèmes de base.

Un confinement solitaire, dans lequel le détenu se voit accorder peu de visites et une nourriture uniquement basique, demeure un des outils disciplinaires les plus dissuasifs de Janeway. Elle y a recours quand, en 2372, l'Enseigne Lon Suder assassine un Officier. Il est condamné à passer dans ses quartiers le reste du chemin du retour de Voyager.

En 2375, Tom Paris, jugé coupable d'insubordination, de mise en danger irresponsable de la vie d'autrui, de l'utilisation non autorisée d'une navette et de conduite indigne d'un Officier au cours des efforts qu'il a unilatéralement déployés pour préserver une biosphère d'un genre unique, est condamné à passer trente jours au cachot. Il est également rétrogradé au rang d'Enseigne pour une période de dix-huit mois.

Parmi d'autres Officiers de Starfleet connus pour avoir subi ce sort, citons les survivants de l'USS Equinox NCC-72381, qui sont intégrés à l'équipage de Voyager en 2376. Ils avaient utilisé sans pitié des formes de vie Aliens comme source d'énergie... Janeway punit ces complices en les rétrogradant, en réduisant leurs privilèges et en les faisant surveiller de près.

Après avoir volé son vieux vaisseau dans les spatiodocks en 2285, l'Amiral Kirk est inculpé de neuf violations aux règles de Starfleet. Mais Kirk et ses loyaux Officiers ayant sauvé la planète Terre, toutes les charges qui pesaient contre eux sont abandonnées, à une exception près. Et pour Kirk, se voir rétrograder au rang de Capitaine est une vraie bénédiction...

Dix-neuf ans plus tôt, Kirk avait comparu devant un tribunal d'exception, à la Base stellaire 11, après la mort apparente du susmentionné Finney, victime d'un orage ionique en 2266. Un jury, qui comprend un Capitaine et un représentant de Starfleet Command, doit décider si Kirk devra ou non être traduit en cour martiale pourparjure et négligence criminelle. Il sera finalement prouvé que Finney avait mis en scène sa propre mort afin de faire accuser l'honorable Capitaine.

Par la suite, la pratique habituelle veut qu'un Capitaine soit obligatoirement traduit en cour martiale pour la perte d'un vaisseau. Mais souvent, comme c'est le cas pour Picard et la perte de l'USS Stargazer NCC-2893, il s'agit d'une simple formalité, ne prêtant pas à conséquence.

L'enquête ouverte sur la perte de l'USS Pegasus NCC-53847 ne donne pas satisfaction au Président du tribunal spécial, qui est d'avis que des éléments critiques sont passés sous silence par les Officiers survivants. Douze ans plus tard, on découvrira que l'équipage du Pegasus s'était mutiné avant sa destruction...

Un très mauvais comportement en service peut valoir soit un renvoi de Starfleet, soit de la prison militaire. Les geôles de la Fédération (qui « accueilleron » notamment Tom Paris et le transfuge du Maquis Michael Eddington) sont des complexes d'abord rébarbatif mais progressistes, se concentrant sur les travaux d'intérêt général, l'assistance socio psychologique, les évaluations psychologiques et les séminaires de réhabilitation supervisés par la Commission de réhabilitation elle-même. Des Officiers de Starfleet sont en outre passibles d'extradition s'ils se sont rendus coupables de crimes aux yeux de la législation locale d'une communauté.