En 2369, des espions de la Fédération signalent que les Cardassiens seraient en train de construire une arme métagénique meurtrière sur Celtris III, planète de classe M désolée et inhabitée, située en territoire Cardassien. L'officier supérieur de Starfleet chargé de traiter cet incident est le Vice-Amiral Alynna Nechayev.

Nechayev est une petite femme au physique frêle, mais il ne faut pas se fier aux apparences : outre une vive intelligence, elle possède une volonté de fer. C'est bardée de certitudes qu'elle aborde les événements de Celtris-III .

Elle dépêche le Capitaine Jean-Luc Picard et deux de ses officiers en mission secrète sur cette planète, et confie au Capitaine Edward Jellico, de l'USS Cairn NCC-42136, le commandement de l'USS Enterprise NCC-1701-D. L'équipage de Picard apprend seulement que son Capitaine et ses deux officiers ont été « réaffectés ».

Nechayev parle souvent d'un ton saccadé, tranchant, sans mâcher ses mots. Elle entre dans le vif du sujet sans se donner la peine de faire la connaissance de l'équipage de l'Enterprise, fort surpris de la rapidité des événements. Plus tard, alors que Picard a été capturé par les Cardassiens et que tout le monde sait qu'il est sans doute soumis à des tortures, l'humanité du Vice-Amiral transparaît cependant. Elle s'inquiète visiblement du sort réservé à ses « amis », et en particulier à Picard, qu'elle considère apparemment comme l'un des meilleurs officiers de Starfleet. Toutefois, quand Picard déplaît à Nechayev, elle n'hésite pas à le rudoyer comme un élève Officier de première année.

En 2369, alors qu'un groupe de Borgs fanatisés s'en prend à la Fédération, on fait de nouveau appel à Nechayev pour superviser la chasse à l'ennemi. De son poste à bord de l'USS Gorkon NCC-40512, spationef de Class Excelsior, elle dirigera les quinze vaisseaux du secteur qui tentent de retrouver les Borgs. Elle assigne Picard à la force expéditionnaire 3, composée de l'Enterprise, de l'USS Agamemnon NCC-11638 et de l'USS Crazy Horse NCC-50446.

Avant d'envoyer Picard en mission, elle exige de savoir pourquoi, alors qu'il détenait un Borg (auquel la Fédération a donné le nom de Hugh (Lou en version française), il ne l'a pas renvoyé aux siens après l'avoir muni d'un programme susceptible de détruire tout le Collectif. Elle tance vertement Picard, à qui elle reproche d'avoir pris soin de Hugh / Lou, de l'avoir considéré comme un invité, de lui avoir donné un nom et de l'avoir renvoyé chez lui.

Pour sa défense, le Capitaine fait remarquer que, une fois séparé du Collectif, Hugh s'est humanisé. Cette compassion éclairée laisse Nechayev de marbre.

Elle assène à Picard qu'il a eu l'occasion de débarrasser la Fédération d'un ennemi mortel, responsable de la disparition de dizaines de milliers d'innocents et sur le point de commettre des ravages plus terribles encore. Picard lui oppose sa conscience et le serment qu'il a fait de défendre certains principes, ce qui porte la fureur du Vice-Amiral à son comble. Elle lui jette un regard glacial et lui rappelle que sa priorité doit être de sauvegarder la vie des citoyens de la Fédération, non de se débattre avec sa conscience.

Si une pareille occasion se représente, Picard a ordre de l'exploiter pour détruire les Borgs. Son ton est si sec que, piqué au vif, le capitaine lui répond simplement : « Oui, Monsieur ». Nechayev tourne les talons et quitte le bureau privé du Capitaine, certaine d'être maîtresse de la situation et assurée que ses ordres seront exécutés, la sensibilité de Picard dût-elle en souffrir. La prise de décisions aussi brutales et critiques est inhérente aux fonctions de Vice-Amiral de Starfleet.

Les capacités de commandement de Nechayev ne font aucun doute, pas plus que son talent à juger des situations et à déléguer son autorité.

D'aucuns la jugent par trop abrupte et inflexible, mais il ne faut pas oublier que sur les frêles épaules d'Alynna pèsent de très lourdes responsabilités. Si la façon dont Nechayev exerce son autorité et gère les rapports interpersonnels déplaît parfois souverainement à Picard, il ne manque jamais de suivre ses directives.

Comme tous les dirigeants de Starfleet, Alynna Nechayev ne doit d'occuper de hautes fonctions qu'à ses propres mérites, pour cela, elle est digne de respect.

• En 2360, Nechayev est promue au rang de Vice-Amiral.
• En 2369, Nechayev est promue au rang d’Amiral.
• En 2369, elle autorisa les actions du capitaine Edward Jellico contre des vaisseaux cardassiens dans la nébuleuse McAllister C-5, au risque de provoquer une guerre ouverte.
• En 2370, Nechayev est promue au rang d’Amiral de la flotte de Starfleet.

• En 2370, elle a joué un rôle dans le traité FUP / Cardassia, elle a supervisé la gestion de l'insurrection du Maquis. Bien qu'elle comprenait la position des insurgés, sa priorité était de préserver la paix entre la FUP et les Cardassiens. Dans le cadre de ces actions, elle demanda à Ro Laren de participer à une mission d'infiltration du Maquis.
• En 2370, Elle refuse à Picard le déplacement des colons Amérindiens de Dorvan V situés dans la Zone Démilitarisée, ce qui envenime encore plus leurs relations.
• En 2371, Nechayev fut utilisé dans une simulation holodeck créée par le Vorta Borath pour déterminer les réactions de Sisko, Jadzia Dax, Miles O'Brien, Julian Bashir et du Subcommander T'Rul face à une présence accrue du Dominion dans le Quadrant Alpha.