Après la mort de K'mpec, survenue en 2367, seuls deux candidats sont en lice pour lui succéder à la tête du Haut Conseil Klingon : Duras, fils de Ja'rod, et Gowron, fils de M'Rel. Les chances de Gowron semblent inférieures à celle de Duras, Chef d'une puissante maison et déjà membre du Conseil, mais Gowron est un outsider-né qui s'est bâti une réputation en défiant le Conseil.

Gowron tente d'interférer avec le ja'chuq en essayant d'acheter K'Ehleyr, Conseillère de Jean-Luc Picard, l'Arbitre de la Succession choisi par K'mpec. Puis on apprend que K'mpec a été empoisonné par Duras, et ce dernier est tué en duel par Worf. Il reste donc l'unique candidat pour la charge suprême à la tête de l'Empire Klingon.

Cependant, lorsque Gowron tente de prendre ses fonctions de Chef du Haut Conseil, il doit faire face à l'opposition des sœurs de Duras, Lursa et B'Etor, selon lesquelles le Chef devrait être Toral, le fils naturel de Duras.

La puissante famille Duras compte de nombreux appuis dans l'Empire et au sein du Conseil. Gowron se tourne vers le Capitaine Picard, son Arbitre de la Succession, pour lui demander de relever le gant.

Lié par les directives de la Fédération, Picard refuse d'intervenir directement dans les affaires internes de l'Empire Klingon, mais il met toutefois sur pied un blocus Fédéral qui empêche les Romuliens d'aider les adversaires de Gowron. Cela, s'ajoutant au soutien de Worf et de son frère Kurn, renverse la situation en faveur de Gowron. En remerciement, ce dernier rétablit l'honneur de la famille de Worf.

Une fois au pouvoir, Gowron prend des mesures visant à asseoir son autorité et récrit l'histoire de telle sorte que les comptes rendus officiels de la guerre civile ne font nulle mention de l'implication de la Fédération Unie des Planètes. Néanmoins, les problèmes de Gowron sont loin d'être achevés, et sa position même ne tarde pas à être gravement menacée.

En 2369, Kahless l'Inoubliable revient apparemment du Sto-Vo-Kor, l'au-delà des Klingons honorés dans la mort. Kahless étant vénéré comme le plus glorieux des Klingons, nombreux sont ceux qui pensent qu'il devrait redevenir le dirigeant suprême de l'Empire. Gowron apporte la preuve que ce Kahless n'est qu'un simple clone, une piètre copie de l'original. Il est cependant contraint d'accepter qu'une partie de son peuple reste désireuse de suivre « Kahless ». Sur le conseil de Worf, Gowron procède à une audacieuse opération politique : il appuie l'accession du clone de Kahless à des fonctions suprêmes... mais honorifiques.

Gowron et le Haut Conseil conservent ainsi la réalité du pouvoir, tout en offrant l'espoir au peuple et en faisant reculer le spectre d'une nouvelle guerre civile. Les réactions suscitées par ce clone illustrent l'un des problèmes les plus épineux que Gowron ait à affronter.

Après une période de paix prolongée, les Maisons Klingonnes recommencent à s'agiter. Afin de rester au pouvoir, Gowron doit trouver des moyens de satisfaire leur goût du combat et leur soif de gloire.

En 2371, constatant que les forces Cardassiennes ont été gravement affaiblies par la désastreuse attaque portée par l'Ordre de l'Obsidienne contre le Dominion, Gowron lance une offensive de grande ampleur en territoire Cardassien. Le Conseil de la Fédération condamne l'invasion Klingonne. Gowron prend alors le risque calculé d'expulser tous les citoyens de la Fédération et de rompre les accords de Khitomer.

Worf refuse de l'aider, ce que Gowron considère comme une trahison. Il saisit les terres de la famille de Worf, le prive de ses titres et chasse Kurn du Haut Conseil. L'invasion de Cardassia échoue : une fois encore, Gowron réinterprète l'histoire, il se prétend victorieux avant de rapatrier ses forces armées.

La Fédération exige que Gowron rende les territoires Cardassiens conquis. Le Chancelier refuse et ordonne à la Fédération de quitter le secteur d'Archanis.

La Fédération, qui soupçonne Gowron d'être en fait un Korrigan, dépêche secrètement une équipe chargée de le dénoncer ou de l'éliminer. Ces agents découvrent que Gowron est bien un Klingon, mais que son conseiller, le Général Martok, est un Korrigan. L'influence néfaste du Dominion apparaissant au grand jour, Gowron ouvre des négociations avec la FUP.

Pourtant, les hostilités ne tardent pas à reprendre... mais, lorsqu'on apprend que Cardassia a rejoint le Dominion, Gowron aligne de nouveau l'Empire Klingon sur la Fédération. A la demande du Capitaine Benjamin Sisko, il affecte le véritable Général Martok à bord de Deep Space Nine en tant qu'Officier de liaison chargé des rapports avec la Fédération.

Gowron a montré qu'il savait juger l'humeur du Peuple Klingon, par ses manœuvres politiques, il a su envers et contre tous se maintenir à la tête du Haut Conseil. L'arrivée des forces du Dominion dans le Quadrant Alpha représente certes une menace de destruction pour l'Empire Klingon, mais elle offre à Gowron et aux siens la chance de livrer une glorieuse bataille appelée à entrer dans l'histoire.

Au début de l'année 2374, Gowron est réticent à impliquer l'Empire à nouveau dans la Guerre du Dominion. Toutefois, il se laisse convaincre par Martok et Worf de s'allier aux forces de la Fédération. L'arrivée, bien que tardive de la flotte Klingonne s'avère cruciale dans la bataille décisive, en jetant le désarroi dans les lignes du Dominion et en permettant à l'USS Defiant de percer leurs lignes de défense.

Plusieurs mois, plus tard, le Dominion allié au Syndicat d'Orion tentent d'utiliser l'inimitié existant entre Gowron et l'Ambassadeur Klingon sur Farius Prime et ce afin de faire tomber l'Alliance. Gelnon et Raimus espèrent qu'en assassinant l'Ambassadeur avec des armes Klingonnes, la responsabilité du crime retombera sur Gowron, mais grâce à Jean Luc Picard et à ses hommes, le complot échouera. Peu de temps aprés, l'Empire Stellaire Romulien entréra en Guerre contre le Dominion.

Les actions d'éclat de Martok, durant la Guerre du Dominion, ont fait de lui un personnage important dans tout l'Empire et était considéré comme un héros par tout le peuple Klingon. Son influence politique croissante menace désormais celle de Gowron. Ce dernier pour garder le pouvoir n'hésite pas à utiliser la force de défense Klingonne dans le but de saper les stratégies militaires de Martok.

Mais malgré cela Martok refuse de contester l'autorité de Gowron, malgré de tels actes déshonorants. Ce sera Worf, désormais membre de la maison de Martok qui défiera Gowron au combat et le tuera, confiant la direction du Haut Conseil à Martok.

Malgré sa désapprobation pour les actes de l'ancien Chancelier, Worf effectuera néanmoins le rituel funèbre Klingon, reconnaissant Gowron comme un guerrier Klingon.