Une Away Team en provenance de l'Enterprise découvre de riches gisements de Tritanium sur une planète qu'ils sont chargés d'explorer. A la surface, Kirk remarque une odeur qui lui semble familière, elle lui rappelle le miel ainsi qu'une dangereuse créature gazeuse qu'il a rencontré autrefois.
Il envoie trois secumen à la recherche de dikinorium et les prévient que si ils voient un nuage gazeux, ils n'hésitent pas à ouvrir le feu. Les trois hommes ne tardent pas à repérer la présence de dikinorium sur leurs tricorders, mais celle-ci disparait aussitôt et un nuage gazeux les attaque. Lorsque Kirk et Spock les retrouvent deux secumen ont cessé de vivre, seul le troisième, Rizzo, est encore en vie.
L'Away Team regagne l'Enterprise et Kirk retarde le rendez-vous avec l'USS Yorktown où ils doivent prendre en charge un vaccin rapidement périssable. Malgré la gravité de leur mission, Kirk refuse de quitter l'orbite sans avoir enquêté sur la mort de ses hommes. McCoy est perplexe en voyant les résultats de l'autopsie des deux victimes, et Kirk lui suggère de consulter les enregistrements en provenance de l'USS Farragut dont l'équipage avait souffert des mêmes symptômes 11 ans plus tôt. Rizzo reprend conscience et révèle à Kirk qu'il a le souvenir d'une étrange odeur sucrée.
Le Capitaine se dirige vers la Passerelle et demande à Spock de chercher une forme de vie gazeuse intelligente, capable de se dissimuler en changeant de forme. Spock suggère que ce n'est possible qu'à la condition qu'elle puisse modifier sa structure moléculaire. L'Officier de la Sécurité, Garrovick, fils du Capitaine ayant trouvé la mort sur l'USS Farragut, effectue son rapport à Kirk au moment où Uhura annonce que Rizzo n'a pas survécu.
Kirk prend alors la tête d'une équipe de la Sécurité et retourne à la surface en compagnie de Garrovick, ils ne tardent pas à avoir la certitude que la créature gazeuse a la faculté de changer sa structure moléculaire. En apercevant le nuage, Garrovick ouvre le feu dans sa direction, mais cela n'a pas le moindre effet. Un des secumen est tué et un autre est laissé dans un état critique.
Kirk est convaincu qu'il s'agit de la même créature que celle qui a attaqué le Farragut, onze ans plus tôt et il est déterminé à la poursuivre. Spock et Mc Coy interrogent Garrovick, qui les informe qu'il a hésité un instant avant de tirer sur la créature. Kirk, furieux, le relève de ses fonctions et le confine dans ses quartiers. McCoy pense qu'il a été beaucoup trop dur avec le jeune Officier, mais Kirk reste intraitable. Spock et McCoy commencent à avoir de sérieux doutes sur son équilibre mental et se rendent jusqu'à ses quartiers.
Ils sont préoccupés par ses actions qui semblent être dictées par un fort sentiment de culpabilité. Spock interroge McCoy sur les troubles obsessionnels du Capitaine et McCoy lui révèle que dans le passé, près de la moitié de l'équipage du Farragut, y compris le Capitaine Garrovick, le père de l'Officier de la Sécurité de l'Enterprise, a été tué et qu'un jeune Lieutenant inexpérimenté du nom de James T. Kirk faisait partie des survivants de l'équipage.
McCoy explique que Kirk n'a rien à se reprocher pour ce qui s'est produit sur le Farragut, mais qu'il se sent responsable, car il est persuadé que s'il avait tiré plus rapidement sur la créature, il l'aurait surement détruite.
Cela tourne à l'obsession et le Médecin en Chef est forcé de mettre en cause l'aptitude au Commandement de Kirk. Il en informe Spock et les deux officiers demandent à Kirk de justifier ses décisions. Kirk leur explique que la créature est intelligente et qu'elle représente une menace pour la Fédération. de ce fait, McCoy accepte de différer sa décision. Chekov depuis la Passerelle prévient que les senseurs viennent de repérer la créature dans l'espace.
L'Enterprise la prend alors en chasse. Pour ménager les moteurs, Kirk est contraint de réduire la vitesse de l'Enterprise à Warp 6.
Le nuage réduit soudain sa vitesse à Warp 2 et Kirk se prépare à le combattre. Garrovick entend l'appel à rejoindre les stations de combat et regagne la passerelle à l'instant où l'Enterprise envoie tirs de phasers et torpilles à photons en direction du nuage, mais l'usage des armes s'avère totalement inutile et Spock signale qu'il en sera de même pour leur déflecteur, la créature pouvant se déplacer en dehors de l'espace-temps. Le nuage se dirige alors vers l'Enterprise et y pénètre en se faufilant par un évent d'impulsion ouvert.
La créature pénètre dans les conduits de ventilation, ne laissant à l'équipage que deux heures de réserve d'air. Spock est désormais convaincu que l'entité est tout aussi intelligente que malveillante. Kirk ordonne alors à Scotty d'inonder le système de ventilation à l'aide de déchets radioactifs.
Spock affirme à Kirk que puisque la créature a manifestement la possibilité de sortir de l'espace temps normal, il ne peut pas se reprocher de ne pas avoir tiré plus rapidement sur elle, 11 ans auparavant. Alors qu'il se trouve en conversation avec Garrovick, la créature pénètre dans la pièce par la bouche d'aération. Aussitôt Spock pousse Garrovick hors de la pièce et tente de fermer la ventilation.
Prévenu, Kirk ordonne à Scotty de renverser la pression dans le local, ce qui aspire la créature dans le système de ventilation avant de l'éjecter à l'extérieur du vaisseau. Spock étant indemne, Kirk demande à Garrovick de reprendre son poste. La créature ayant quitté l'Enterprise, s'en éloigne désormais à grande vitesse. Le Capitaine est convaincu que sa planète d'origine est Tycho IV, planète à proximité de laquelle le Farragut avait été attaqué.
Le plan de Kirk est de désintégrer la créature à l'aide d'une charge d'antimatière, mais il réalise que l'explosion si elle se produit en orbite, risque d'endommager l'atmosphère de la planète, de mettre sérieusement l'Enterprise en danger et peut être même de désactiver les téléporteurs. Changeant ses plans, Kirk se téléporte alors sur Tycho IV accompagné de Garrovick. Afin d'attirer la créature, ils emmènent avec eux quelques packs d'homeoplasm.
Mais elle les consomme avant qu'ils aient pu faire quoi que ce soit, et Kirk décide alors de servir lui-même d'appat, Garrovick le rejoint et les deux hommes se positionnent à proximité de l'antimatière afin d'attirer la créature sur leur position.
Au moment où Kirk donne l'ordre de faire exploser la charge, Scotty les téléportent à bord de l'Enterprise. Mais l'explosion interfère avec la téléportation et de plus, l'Enterprise est violemment secouée par l'onde de choc, mais en unissant leurs efforts, Spock et Scotty parviennent à ramener les deux hommes à bord sains et saufs.
Alors que l'Enterprise se dirige enfin vers son point de rendez-vous avec l'USS Yorktown, Kirk promet à Garrovick de lui parler régulièrement de son père.
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