L’USS Voyager NCC-74656 et un Cube Borg s'enfuient face à un terrifiant bio-vaisseaux 8472, le spationef est attaché au Cube Borg par un rayon tracteur, le Capitaine de Voyager, Kathryn Janeway, demeure à bord du Cube conformément aux termes de l'alliance conclue avec le Collectif Borg.

L'équipage de Voyager soutiendra les Borgs contre l'effrayante Espèce 8472 en échange d'un droit de passage par l'espace Borg. Tuvok rejoint Kathryn Janeway à bord du Cube, mais la situation met Chakotay mal à l'aise.

Le Docteur a modifié des nanosondes Borgs pour lutter contre les tissus aliens de l'Espèce 8472, qui ont infecté Harry Kim. Les nouvelles nanosondes commenceront par assimiler les cellules de l'Espèce 8472, puis elles se dénatureront rapidement en entraînant la destruction des cellules aliens. Les nanosondes sont testées sur Kim. Son visage se couvre brusquement d'excroissances Borgs, qui disparaissent bientôt avec le tissu Alien, laissant apparaître une peau humaine au-dessous.

Kes, que les Aliens ont menacée par télépathie, avertit le Docteur qu'ils sont surveillés. A bord du Cube, les Borgs décident que l'alliance sera plus efficace si Janeway et Tuvok sont temporairement liés au Collectif. Kathryn Janeway suggère plutôt qu'un représentant Borg unique soit désigné de façon à assurer la liaison (à l'image de Locutus).

Une drone de grande taille surgit d'une alcôve. Elle se présente avec arrogance sous l'appellation de Seven of Nine, d'origine humaine, assimilée par les Borgs il y a près de vingt ans, elle entreprend avec Janeway et Tuvok de mettre au point une arme contre l'Espèce 8472. Tuvok recommande de placer les nanosondes modifiées dans les torpilles à photons de Voyager, afin de créer des ogives biomoléculaires.

Chakotay les appelle de Voyager : les aliens, qui ont accès par télépathie à la mémoire de Kes, sont probablement au courant des plans de l'équipage. Les deux vaisseaux changent de cap pour tromper l'ennemi. Kim regagne son poste sur la passerelle quand survient une nouvelle attaque, un bio-vaisseaux 8472 prend Voyager pour cible.

Le Cube Borg s'interpose et se sacrifie pour protéger les nanosondes à bord du spationef. Quelques secondes après l'explosion du Cube, la voix de Tuvok se fait entendre sur la passerelle. Un certain nombre de Borgs, le Capitaine et lui-même se sont téléportés dans la Soute 2 avant la destruction du Cube.

Chakotay, accompagné de deux gardes et d'une équipe médicale, se dirige vers la soute, déjà en cours de « borgification ».

Janeway a été gravement blessée juste avant la téléportation. Une décharge Alien a frappé à côté d'elle et bouleversé ses circuits neuro-électriques. Avant que le Docteur ne la plonge dans un coma artificiel pour protéger ses fonctions cérébrales supérieures, Kathryn Janeway donne pour instruction à Chakotay de faire fonctionner l'alliance avec les Borgs. Il doit absolument ramener son équipage dans le Quadrant Alpha.

Déchiré entre sa loyauté envers le Capitaine et sa défiance à l'égard des Borgs, Chakotay décide de désobéir à Janeway : Voyager laissera les Borgs sur la planète habitée la plus proche avec les nanosondes. La situation devient de plus en plus critique au moment où le Collectif Borg donne l'ordre de prendre le contrôle du spationef de la Fédération Unie des Planètes et de l'abandonner dans le domaine de l'Espèce 8472.

Alors que les Borgs exécutent leurs nouvelles instructions, Chakotay se met à dépressuriser la Soute 2, tous les drones sont happés dans l'espace, à l'exception de Seven of Nine, qui s'accroche dans un tube de Jefferies. Elle parvient à émettre un rayon de gravitons en résonance, ouvrant ainsi une nouvelle singularité quantique. Voyager est attiré dans un étrange domaine, sans doute une autre dimension. L'espace alentour n'est pas vide, mais fluide.

Seven of Nine rapporte que leur présence est déjà parfaitement connue de l'Espèce 8472, ils ne vont pas tarder à être assaillis par des bio-vaisseaux 8472. La connaissance qu'a Seven of Nine de l'espace fluidique indique à Chakotay que les Borgs sont déjà venus ici, Seven of Nine reconnaît que les Borgs ont tenté d'assimiler l'Espèce 8472 et ainsi déclenché la guerre.

Janeway, remise sur pied, est furieuse que l'on ait enfreint ses ordres. De retour sur la passerelle, elle informe Seven of Nine que Chakotay est en cellule et que le spationef combattra les aliens comme prévu. Voyager frappe avec ses torpilles biomoléculaires, qui se révèlent très efficaces contre les vaisseaux organiques, Seven of Nine transmet cette information émanant du Collectif Borg : les bio-vaisseaux 8472 du Quadrant Delta battent en retraite. L’Espèce 8472 est défaite, tout du moins pour l'instant.

Kathryn Janeway tente de faire respecter l'accord avec les Borgs, mais ceux-ci ont décidé d'assimiler le spationef. Seven of Nine s'empare du poste de pilotage, mais le Capitaine et Chakotay se sont préparés à cette trahison. Le code « Scorpion » est transmis : d'une alcôve Borg de la Soute 2.

Chakotay est lié au Collectif. Accédant aux souvenirs humains de Seven of Nine, il distrait son attention, tandis que B'Elanna Torres envoie une décharge dans la barre. Seven, déconnectée du Collectif, s'effondre.

Un-peu plus tard, dans l'atelier du grand Léonard de Vinci, Chakotay trouve Kathryn Janeway en train de rédiger son journal à la plume, à la lumière de quelques chandelles. Ils règlent leurs différends et leur amitié reprend rapidement tous ses droits.

À l'infirmerie de I'USS Voyager dort le drone Borg Seven of Nine, nouvelle recrue de l'équipage.

Banque de données

• Au moment où un objet pénètre dans l'espace fluidique, il crée une onde de compression, c'est ainsi que l'Espèce 8472 détecte l'arrivée de Voyager.
• L'Espèce 8472 est considérée comme le summum de l'évolution biologique par les Borgs, qui souhaitent ajouter sa perfection au Collectif.