La majorité des acteurs de l'histoire de Starfleet ont consacré leur existence à la Fédération Unie des Planètes, mais le bon fonctionnement des différentes structures de la Flotte dépend aussi de personnels civils.

Starfleet est une vaste organisation dans laquelle chacun a un rôle soigneusement déterminé au sein d'une hiérarchie structurée. Tout poste à bord d'un spationef ou d'une base stellaire, ou bien au sein d'un département tel que Starfleet Command est occupé par une personne qui a été formée pour accomplir sa tâche avec le maximum d'efficacité.

En maintes occasions toutefois, il est nécessaire que le personnel de Starfleet travaille en collaboration avec des civils ou des membres d'autres organisations, soit dans le cadre d'une initiative conjointe de la FUP et de ses alliés, soit dans des circonstances particulières. En de telles situations, des personnes n'ayant pas suivi officiellement de formation dans Starfleet peuvent être appelées à remplir des rôles qui, en temps ordinaire, reviendraient à des Officiers de Starfleet.

De telles personnes peuvent être intégrées de manière temporaire ou permanente à la hiérarchie de la Flotte, ou oeuvrer simplement avec leurs collègues de Starfleet sans que soit jamais établi un lien officiel avec cette organisation.

L'absence de formation officielle ne doit pas donner à penser que ces individus manquent de capacités, ils jouent souvent un rôle crucial dans le fonctionnement des spationefs ou des stations à bord desquels ils servent, et sont aussi compétents dans leurs fonctions que quiconque étant passé par l'Académie de Starfleet.

La station Deep Space Nine étant administrée conjointement par Starfleet et par les Bajorans, des personnels de la Flotte de la FUP travaillent main dans la main avec des membres de la Milice Bajorane.

Chaque organisation conserve son identité et sa structure de commandement propres, tout en s'intégrant à un ensemble cohérent. Les personnels de Starfleet sont placés sous l'autorité du Capitaine Benjamin Sisko, les Bajorans sous celle du Colonel Kira Nerys.

Les équipes de service comprennent souvent des membres issus des deux structures. Ainsi, le Chef Miles O'Brien organise le travail de tous les ingénieurs et techniciens de la station, cependant qu'Odo est responsable de la Sécurité de ladite station.

Ce dernier remplit des fonctions qui reviendraient normalement à un Officier de Starfleet, d'ailleurs, la partie de son travail qui est liée à la sécurité sera plus tard confiée à quelqu'un d'autre, Starfleet Command ayant le sentiment que les origines d'Odo représentent un facteur de risque.

Jusqu'à ce point cependant, l'estime que lui portent ses collègues est illustrée par le fait qu'il soit chargé d'assurer la sécurité d'une organisation dont il n'est pas officiellement membre.

D'autres personnels de Deep Space Nine s'avèrent précieux pour Starfleet, le tailleur civil Elim Garak fournit des informations utiles sur les Cardassiens lors de la guerre contre le Dominion, et le Colonel Kira bénéficie temporairement d'une intégration à un poste d'Officier de Starfleet dans le but de contribuer à son acceptation par un groupe de rebelles Cardassiens qu'elle doit former.

Toute différente est la situation à bord de Voyager, égaré dans le Quadrant Delta, à des milliers d'années-lumière de Starfleet Command. Il n'y a pas là d'Académie de Starfleet où envoyer les nouveaux officiers potentiels. Plusieurs individus se sont joints à l'équipage de Voyager sans que cette situation ait reçu de sanction officielle.

Le Capitaine Kathryn Janeway a autorité pour procéder à des nominations « sur le champ de bataille », c'est de cette manière que la plupart des membres du Maquis qui embarquent à bord du vaisseau au commencement de son voyage de retour vers le Quadrant Alpha sont absorbés dans Starfleet. Certains, dont l'espionne Cardassienne Seska, ne travaillent pas véritablement pour la Fédération et ne se considéreront jamais comme des membres de Starfleet (tout en en portant l'uniforme).

Tous ceux qui rejoignent Voyager ne souhaitent pas servir au sein de Starfleet. Neelix et Kes, par exemple, se présentent en tant que passagers et se satisfont de rester en dehors de la hiérarchie. Neelix joue un rôle important en tant que cuisinier, soutien du moral des troupes et guide dans les territoires inconnus du Quadrant Delta, mais il ne veut ni porter l'uniforme ni se voir attribuer un grade dans Starfleet.

Kes est extrêmement importante pour l'équipage dans son rôle au sein de l'équipe médicale, mais elle non plus ne veut pas de grade. Quelques années après son arrivée, elle prend la décision de quitter le vaisseau (après l'accroissement de ses pouvoirs psychokinétiques).

Seven of Nine, autre passagère récupérée en chemin par Voyager, reste également en dehors de la structure officielle de Starfleet. Ses attributs Borgs, ainsi que ses connaissances issues de l'assimilation d'Officiers de Starfleet jusqu'au rang de capitaine au moins, rendraient très difficile l'attribution à Seven of Nine d'un grade approprié dans l'équipage. La situation actuelle paraît être un heureux compromis.