L'Empire a derrière lui une longue histoire de conflits et de luttes intestines. Le pouvoir politique est exercé dans des conditions souvent délicates par le Haut Conseil, sous la férule du Chancelier.

Les Klingons vivent dans une société martiale, au sein de laquelle le pouvoir politique s'acquiert par la force des armes et le combat individuel plutôt que par les moyens démocratiques qu'ont choisis la plupart des mondes de la Fédération. Le mode de gouvernement ressemble étroitement au système féodal en vigueur en Europe, sur Terre, à l'époque médiévale.

La nation est organisée en Empire, et pourtant elle n'est plus dirigée par un Empereur depuis le XXIe siècle. En 2369, le clone de Kahless se voit attribuer le titre d'Empereur, mais ses fonctions sont presque exclusivement honorifiques et il est libre d'exprimer ses opinions. Toutefois, ceux qui exercent la réalité du pouvoir n'ont nullement l'obligation de l'écouter. Au XXIIIe et XXIVe siècle, l'Empire est gouverné par le Haut Conseil Klingon, avec à sa tête le Chancelier. Ce Conseil se réunit d'ordinaire dans le Grand Hall de la Première Cité de la planète mère Klingonne.

Le Chancelier est assisté par les membres du Haut Conseil mais, en pratique, il jouit d'un pouvoir absolu. Chef des armées, il est aussi le Juge Suprême de l'Empire, disposant de pouvoirs discrétionnaires.

A tous les niveaux de la société, les Klingons progressent en défiant leurs supérieurs. Il en va ainsi en politique comme dans d'autres domaines, aussi la fonction de Chancelier est fort périlleuse.

Les Chanceliers font rarement de vieux os à leur poste, celui qui a connu la plus longue carrière dans l'histoire Klingonne fut K'mpec, qui dirigea l'Empire d'une main de fer avant d'être assassiné en 2367.

Le Chancelier se voit désigné par l'Arbitre de la Succession, lui-même nommé par le Chancelier précédent. L'Arbitre a pour tâche de décider quels sont les candidats aptes à postuler et d'installer le vainqueur de la compétition à la tête du Haut Conseil. Tout guerrier peut concourir pour la Chancellerie, mais, pour avoir une chance réaliste d'obtenir le poste, il doit bénéficier du soutien d'une faction militaire de poids. Certains Klingons influents parviennent à entretenir une sphère de pouvoir hors du Conseil.

Au début des années 2360, Gowron n'appartient pas au milieu dirigeant, mais, à la mort de K'mpec, il comprend que le Conseil est le seul moyen d'obtenir le pouvoir politique. Il défie avec succès Duras, membre du Conseil, pour accéder au poste de Chancelier.

Une fois en place, les Chanceliers ont tendance à tout faire pour renforcer leur position. Cela implique une réécriture du passé, visant à souligner leur rôle et à minimiser celui d'éventuels rivaux. Ainsi, au lendemain de sa victoire dans la guerre civile de 2367-2368, Gowron fait supprimer de la chronique toute référence à l'aide que lui a apportée la Fédération.

Le Conseil comprend vingt-quatre membres, les plus influents des Guerriers Klingons. Comme le Chancelier, ils obtiennent leur poste par la force, Kurn siège au Haut Conseil parce qu'il a promis à Gowron l'appui de trois escadrons lors de la guerre civile Klingonne.

Il n'est pas rare qu'un membre du Conseil défie le Chancelier. Un tel affront se solde généralement par un duel à mort, de sorte que, plus un Chancelier est âgé, plus il importe qu'il évite de frustrer les membres du Conseil. Il est donc dans son intérêt de proposer aux plus éminents guerriers des sièges au Conseil et d'autres positions d'importance.

Le poste de Chef d'Etat-Major, particulièrement crucial, est normalement détenu par un Klingon puissant, le Général Martok au début des années 2370, le Général Chang à la fin du XXIIIe siècle, sous le règne des Chanceliers Gorkon et Azetbur.

Les Chanceliers sont souvent amenés à accorder des postes élevés à leurs opposants politiques pour éviter que ceux-ci ne les défient ouvertement. Il importe aussi de s'assurer le soutien des guerriers de moindre importance, le Chancelier peut récompenser ceux qui ont servi l'Empire en leur décernant des titres et des décorations.

L'appartenance à l'Ordre du Bat'leth, qui confère au guerrier un grand prestige, est ainsi particulièrement prisée.

Actuellement, les femmes ne peuvent siéger au Haut Conseil, ce qui n'a pas toujours été le cas. Dans les années 2290, le Conseil a même été dirigé par Azetbur, la fille du Chancelier Gorkon.

Toutes les positions politiques au sein de l'Empire se gagnent presque exclusivement par les armes. Kor est nommé Ambassadeur sur Vulcain non pas pour ses talents diplomatiques mais en raison de ses multiples victoires militaires.

Presque tous les guerriers appartiennent à une Maison, à laquelle ils prêtent une allégeance absolue. Elle procure au Klingon moyen son lien le plus immédiat avec la haute politique de l'Empire. Le Chancelier ne peut gouverner efficacement sans l'appui des Maisons les plus puissantes, comme la Maison de Martok. D'autres, moins influentes certes, telle que la Maison de Noggra, n'en sont pas moins une source d'honneur fort appréciable.

Chaque maison est dirigée par un individu dont elle porte le nom. Presque toutes ont un dirigeant mâle, mais il existe des exceptions notables, comme la Maison de Grilka. Quiconque dirige une Maison en contrôle les terres et autres biens. La femme du Maître est souvent un personnage influent apte à décider de qui peut être admis au sein de la Maison.

La famille du Maître bénéficie d'une appartenance de droit, mais d'autres individus peuvent aussi s'y intégrer, et parfois y occuper des positions prestigieuses, des membres d'autres familles, mais aussi quiconque épouse un membre de la maison.

L'appartenance à une Maison s'accompagne de certains devoirs. Si un de ses membres est blessé ou tué par un rival, tous se rangent derrière lui (ou défendent son souvenir). Cela entraîne souvent des luttes sanglantes. Que le déshonneur frappe un individu, et c'est toute sa Maison qui en est affectée.

Le Chancelier a le pouvoir de dissoudre une Maison et de déchoir ses membres de leurs biens et titres, cependant dans la pratique, de telles attributions sont difficiles à exercer. Nombre de Maisons ont de puissants alliés, et toute action contre elles provoquerait des troubles allant jusqu'à une guerre civile. Dans les années 2360, le Chancelier K'mpec est incapable d'agir contre la Maison de Duras, alors même qu'il sait que Duras a failli à l'honneur et qu'il soupçonne ses liens avec les Romuliens.

Si une Maison compte assez peu de membres, ou dans des circonstances exceptionnelles, le Chancelier aura parfois l'audace de l'attaquer. En 2372, Gowron s'en prend ainsi à la Maison de Mogh (Maison de Worf et Kurn) sans craindre de représailles.