Un vaisseau rebelle du Maquis commandé par Chakotay, un ancien officier de Starfleet, disparaît dans la région dite des Badlands. A son bord se trouve le Vulcain Tuvok, Chef de la Sécurité du nouveau vaisseau de Starfleet, Voyager NCC-74656, en mission d'espionnage.
Le Capitaine Kathryn Janeway, Commandant le Voyager, recrute l'ex-officier de Starfleet Tom Paris, devenu mercenaire au service de Chakotay après avoir été cassé, et lance son vaisseau en direction des Badlands.
Arrivé à destination, Voyager est pris dans une onde de décalage et projeté à 70000 années-lumière de là, dans le Quadrant Delta. Gravement endommagé, il flotte désormais à proximité de l'Array, une station spatiale étrangère qui envoie des pulsations d'énergie vers une planète voisine. Soudainement, l'équipage de Voyager est téléporté à bord de l'Array.
Après avoir étudié ce qui les entoure, Tom Paris et le jeune enseigne Harry Kim découvrent dans une vaste salle les membres d'équipage du Maquis, inconscients et maintenus en vie par des sondes. Avant d'avoir pu faire quoi que ce soit, Janeway et son équipage sont soumis au même traitement.
Près de trois jours plus tard, les deux équipages se réveillent à bord de leurs vaisseaux respectifs, mais manquent à l'appel Kim et l'ingénieur du vaisseau du Maquis, une hybride Humano-Klingonne du nom de B'Elanna Torres.
Chakotay accepte à contrecœur de coopérer avec Janeway pour rechercher les disparus. Ils repartent vers l'Array, où ils rencontrent un joueur de banjo qui est l'entité responsable de la présence de leurs vaisseaux dans ce quadrant.
Il leur dit être à la recherche de quelque chose et ajoute que le temps est compté, mais, avant de pouvoir en apprendre davantage, Janeway et Chakotay se retrouvent à bord de Voyager.
Dans l'intervalle, Kim et Torres se réveillent dans un environnement médicalisé, aux mains des Ocampas, une race de télépathes. Tous deux sont malades et présentent d'étranges excroissances cutanées. Ils découvrent que les Ocampas vivent dans une ville souterraine d'où il est apparemment impossible de s'évader, et que tout ce dont ils ont besoin leur est fourni par le Pourvoyeur, l'entité présente à bord de l'Array.
Janeway pense que les disparus ont été transportés sur la planète qui reçoit les rayons d'énergie de l'Array. En route vers cette planète, Voyager rencontre Neelix, un étrange extraterrestre qui accepte de servir de guide sur ce qu'il appelle la « cinquième planète ». Neelix conduit Janeway dans des contrées arides, jusqu'à un lieu de peuplement Kazon-Ogla. Les Kazons constituent une race agressive : ils veulent à toute force faire main basse sur les réserves d'eau des Ocampas, mais ils n'ont pas réussi à pénétrer dans leur domaine souterrain.
Ils essaient de capturer le détachement afin de s'emparer des moyens techniques de production d'eau de Voyager, mais la petite équipe parvient à regagner le vaisseau, en compagnie de l'Ocampa Kes, qui a réussi à sortir du domaine souterrain.
Par ailleurs, Kim et Torres se disent qu'ils n'ont de chance de survivre que s'ils peuvent se faire soigner à bord de Voyager. Ils entreprennent de creuser un tunnel pour s'évader, sans savoir que Kes guide des sauveteurs vers la cité. Alors que les rayons émis par l'Array croissent en intensité, tout le monde remonte à bord de Voyager grâce à Paris, qui sauve la vie de Chakotay.
Mais déjà pointe une nouvelle menace : des vaisseaux Kazons s'en prennent au Voyager. Tandis que Chakotay tente de les tenir en respect, Janeway retourne sur l'Array pour demander au Pourvoyeur de les renvoyer tous dans le Quadrant Alpha. Mais le Pourvoyeur est faible et agonisant : les éruptions sur le corps de Kim et de Torres résultaient de ses tentatives pour se reproduire, afin qu'un nouveau « pourvoyeur » puisse reprendre le flambeau.
Il révèle qu'il appartient à une race avancée vivant dans une autre galaxie, et qu'il est responsable de l'aridité de la cinquième planète. C'est pourquoi il a veillé sur des générations entières d'Ocampas. Janeway réplique qu'il n'a fait qu'étouffer les Ocampas : ceux-ci ne peuvent évoluer qu'en se débrouillant par eux-mêmes. Le Pourvoyeur en convient, mais il redoute que les Kazons n'accaparent la technologie de l'Array. Il meurt peu après.
Confrontée à la perspective de laisser les Ocampas à la merci des Kazons, Janeway détruit l'Array avant que les Kazons ne s'en rendent maîtres, mais sans avoir pu l'utiliser pour renvoyer Voyager à son point de départ. Le vaisseau du Maquis ayant été sacrifié dans la lutte contre les Kazons, Chakotay et son équipage unissent leurs forces à celles de Voyager.
Ils sont à 75000 années-lumière de la Terre, mais Janeway donne l'ordre de mettre le cap sur la planète bleue, le Pourvoyeur lui a révélé qu'il a une homologue quelque part dans la Galaxie. Un jour peut-être les aidera-t-elle...
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