L’USS Voyager NCC-74656 a capté un signal de la Fédération transmis par une balise, le code employé ne devait l'être qu'un mois après la disparition de Voyager dans les Badlands. L'équipage découvre la balise dans un nuage d'hydrogène ionisé qui provoque des interférences avec les senseurs. Pour ne pas téléporter à bord un objet inconnu ni pénétrer dans le nuage, on braque un rayon tracteur sur la balise.
Soudain, un vaisseau Kazon surgit du nuage d'hydrogène et tire sur Voyager. Les moteurs à distorsion cessent bientôt de fonctionner, et les Kazons parviennent a s'adapter à la fréquence des boucliers de Voyager. Une brèche s'ouvre dans ses boucliers, par où s'engouffre un petit appareil Kazon qui vient s'écraser sur le Pont 4.
Les Kazons sont à présent à bord de Voyager. Ils se ruent vers la salle de téléportation n°2. Tuvok arrive juste à temps pour les voir s'enfuir au moyen d'un module de téléportation.
Après leur départ, le téléporteur est hors d'usage. Janeway verrouille un rayon de téléportation sur le gros vaisseau Kazon avant qu'il ne passe en vitesse de distorsion. Les Kazons établissent la communication avec Voyager.
Le Maje Culluh, des Kazons Nistrim, commandant le vaisseau, a une puissante conseillère en la personne de Seska. Celle-ci, qui a modifié son apparence pour ressembler davantage à une Cardassienne, est plus rusée que jamais. Elle se sert des boucliers de déflexion du Raider Kazon pour créer une boucle en retour qui rompt le rayon tracteur. Sous les regards impuissants de l'équipage de Voyager, le vaisseau Kazon accélère en vitesse supraluminique.
Janeway est bien décidée à poursuivre les Kazons, mais elle ne peut rien faire avant que le petit « vaisseau-torpille » ait été extirpé du flanc de Voyager.
Tandis que l'on se met à l'œuvre, Chakotay rapporte que Seska essaie de les attirer dans un piège. Après une attaque brillante, elle a laissé une trace de distorsion très (trop) évidente. Pour la combattre, il va falloir changer de tactique.
Dans l'intervalle, Culluh organise une réunion avec le Maje Haron des Kazons Relora, qu'il veut convaincre de se joindre à lui pour attaquer Voyager.
B'Elanna a trouvé une façon de détecter le module dérobé, elle suggère que, si l'on peut s'en approcher suffisamment, il sera possible de le téléporter. Chakotay, persuadé que Seska saura masquer le module, propose un autre plan : il s'agit de le détruire en tirant de très près un rayon d'antiprotons qui percera les boucliers et la coque du vaisseau Kazon.
Haron menace de prendre à Culluh l'appareil dérobé. Une querelle éclate. Seska conseille à Haron de regagner son vaisseau pour réfléchir à la situation.
Voyager, qui s'approche du vaisseau Kazon, découvre Haron et son assistant flottant dans l'espace. Selon le Docteur, ils ont été téléportés et Neelix parle d'exécution.
Janeway met sur pied une réunion pour étudier le plan d'action, mais Chakotay ne s'y présente pas, on apprend qu'il est parti seul à la poursuite de Seska, à bord d'une navette.
Seska a contacté certaines des petites sectes Kazonnes susceptibles de se montrer plus coopératives. Culluh est furieux que Seska ait agi à son insu, mais il accepte son plan.
A bord de Voyager, B'Elanna rend visite au Capitaine Janeway pour tenter d'expliquer les actes de Chakotay. Elle lui indique qu'il se sent responsable de l'attitude de Seska. Ils furent amants, et c'est lui qui l'a amenée à bord en tant que membre du Maquis. Il essaie de protéger l'équipage des conséquences de ses propres erreurs.
Lorsque sa navette approche du vaisseau de Culluh, Chakotay coupe les moteurs et effectue un scannage pour repérer le module. Culluh et Seska se rendent compte de la présence d'un vaisseau tout proche. Pour le détecter, Seska se sert d'un flux de polarons.
Le tir Kazon endommage l'émetteur de rayon antiprotonique avant que Chakotay ne l'ait utilisé. Celui-ci envoie une balise et coupe les amortisseurs inertiels.
Culluh remorque la navette jusque dans un hangar, mais Chakotay n'est plus à bord : il s'est téléporté dans la salle de commande, où il détruit le module de téléportation volé avant d'activer la balise et de remettre son phaserr à Seska.
Voyager capte le signal de la balise, qui indique que Chakotay a réussi à détruire le module et qu'il est probablement mort non sans avoir averti l'équipage de ne pas le suivre.
Seska veut que Chakotay lui livre les codes de commandes de Voyager, ce qu'il refuse. Voyager détecte l'arrivée d'autres astronefs Kazons, B'Elanna convainc néanmoins Janeway de tenter une opération de sauvetage. Culluh soumet Chakotay à un interrogatoire extrêmement brutal, mais s'entend simplement dire que Seska le trahira lui aussi.
B'Elanna pense que l'on peut sauver Chakotay en le téléportant en vitesse supraluminique. Une telle manœuvre, certes périlleuse, a déjà été opérée.
Culluh tient un conseil de guerre avec les autres dirigeants Kazons. Il assure posséder les codes de Voyager; pour appuyer ses dires, il montre un Chakotay à demi inconscient.
Voyager approche des Kazons, mais Chakotay est entouré d'un champ énergétique qui empêche B'Elanna de le téléporter. Janeway passe en vitesse infraluminique et lance la bataille pour donner à B'Elanna une chance de compenser les effets du champ.
En vain. Le Capitaine a une autre idée : elle téléporte tous les Majes Kazons à bord de Voyager, avant de proposer de les échanger contre Chakotay et la navette. Ils n'ont d'autre choix que d'accepter.
Janeway fait un rapport sur les agissements de Chakotay, qui est animé de regrets sincères. Le vaisseau reçoit un message de Seska : alors que Chakotay était son prisonnier, elle a prélevé un échantillon de son ADN et s'en est imprégnée. Chakotay va être père...
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