L’USS Voyager NCC-74656 reçoit un message de Seska. Elle appelle à l'aide, en déclarant que Culluh a été furieux de s'apercevoir qu'il n'était pas le père de l’enfant qu'elle a mis au monde. On entend un bruit de lutte, puis le message s'interrompt.
Chakotay répugne à agir, mais Janeway lui annonce que, s'il veut aller à la recherche de l'enfant, l'équipage le soutiendra. Chakotay entre par la prière en contact avec l'esprit de son père : dans sa vision, Kolopak lui dit qu’il ne peut fuir sa responsabilité envers son fils.
Voyager se lance à la poursuite de Culluh et découvre une navette Kazonne endommagée. On téléporte à bord le seul occupant, le Kazon Teirna, assistant de Seska, grièvement blessé. Il fait part de la mort de Seska, l'enfant a été emmené dans la Colonie de Gema.
Teirna conduit l'équipage en espace Kazon, mais prévient que les sectes Kazonnes attaqueront sans provocation. Surgit bientôt un petit vaisseau Kazon, qui tire sur Voyager avant de s'enfuir.
Au-cours du trajet, Janeway va trouver Lon Suder pour lui dire qu'elle étudiera sa demande de collaboration dans le cadre du jardin aéroponique.
D'autres petits appareils Kazons attaquent le bâtiment dans sa partie ventrale tribord, mais sans causer de sérieux dommages. Le Docteur relâche Teirna, aussitôt assigné dans ses quartiers par Chakotay, à côté de Suder.
Une autre attaque des Kazons désempare les processeurs de commande secondaire. Alors que Janeway change de cap, huit gros vaisseaux Kazons se présentent. Janeway décide de combattre.
Dans ses quartiers, Teirna sort une aiguille de l'un de ses orteils et se l'enfonce dans la peau et quelques secondes plus tard, il explose. La déflagration endommage nombre des systèmes de Voyager, qu'elle réduit à l'impuissance, mais Paris s'empare d'une navette pour aller chercher de l'aide auprès des Talaxiens.
Tom s’échappe avant que les Kazons n'investissent le vaisseau. Ceux-ci arrivent sur la passerelle, sous la conduite de Culluh et de Seska. Ils entrainent Voyager jusqu'a une planète désertique, Hanon IV, et abandonnent l'équipage a la surface.
Lorsque les Kazons quittent la planète, il ne reste plus à bord que deux membres de l'équipage : le Docteur et Suder.
Seska emmène son bébé à l’infirmerie ou le Docteur lui annonce qu’il n’est pas l’enfant de Chakotay : il est mi-Cardassien, mi-Klingon. A son départ, le Docteur découvre que Lon Suder est à bord et il s’arrange pour le rencontrer à l’infirmerie.
L'équipage a dressé un campement sur Hanon IV, mais Hogan a été mystérieusement tué. A la nuit tombée, les indigènes enlèvent Neelix et Kes.
Dans l’intervalle Tom Paris a échappé aux Kazons et il contacte les Talaxiens pour les convaincre de l’aider à reprendre l’USS Voyager.
Sur la planète, Chakotay et Tuvok prennent la tête d'une équipe de secours pour retrouver Neelix et Kes. Il semble que les indigènes se querellent au sujet du sort qu’ils réservent aux captifs. Chakotay s'avance calmement parmi eux pour remmener Kes et Neelix. Les indigènes ne tardent pas à les suivre, ce qui les contraint à se cacher dans une galerie souterraine.
Les indigènes allument un feu à l’entrée, ce qui force les fugitifs à rechercher une autre issue. Dans les profondeurs des cavernes, ils trouvent une sorte de gigantesque serpent. Pendant ce temps, Janeway est arrivée avec une autre équipe. En distrayant l’attention des indigènes, celle-ci permet à l’équipe de Chakotay de sortir de la galerie et d’échapper au monstre.
Paris contacte le Docteur et lui demande de bloquer le dispositif de décharge des couplages de phaseurs de secours au moment où les Talaxiens lanceront leur attaque. Sur Hanon IV, l’éruption d’un volcan oblige l’équipage de Voyager à lever le camp.
Seska s’est aperçue que quelqu'un sabotait Voyager, elle neutralise le programme du Docteur, mais Suder parvient à se cacher dans les tubes de Jefferies.
Les Talaxiens attaquent Voyager et l’attirent dans une nébuleuse, où l’attend Paris. Tandis qu’il s’en prend aux couplages des phaseurs, Suder se rue dans la salle de commande des machines et y tue le Kazon présent. Il réussit à neutraliser les couplages de secours avant que l’un des Kazons agonisants ne l’abatte en lui tirant dans le dos.
Lorsque les Kazons tirent sur la navette de Paris, les phaseurs du vaisseau entrent en surcharge, ce qui permet à Tom et aux Talaxiens de monter à bord. Seska est tuée, mais Culluh et son enfant fuient le vaisseau avec le reste des Kazons. Tom va prendre alors le contrôle de Voyager pour aller secourir ses collègues à la surface de la planète
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