Les activités terroristes dirigées contre la Fédération Unie des Planètes sont rares mais potentiellement dangereuses et toujours envisagées très sérieusement par Starfleet. Les opérations terroristes sont généralement menées contre les installations de la FUP, parfois contre son personnel.

En 2267, l'USS Enterprise NCC-1701 est attaqué par un vaisseau Orion alors qu'il a pour mission d'acheminer des délégués à la Conférence de Babel.

L'Ambassadeur Tellarite Gay est assassiné à bord et l'enquête révélera que ces incidents font partie d'un plan des Orions pour empêcher l'admission de la planète Coridan au sein de la FUP. L'intervention de l'Enterprise sauvera les pourparlers.

En 2268, des Officiers de l'Enterprise se retrouvent en situation périlleuse à leur arrivée sur Elba II. L'un des détenus de la Colonie pénitentiaire, l’ex-Capitaine de Starfleet Garth d'Izar (rendu fou par l'acquisition d'une technique de métamorphose cellulaire qui lui a été enseignée sur Antos IV) a réussi à neutraliser le personnel de l'établissement. Le plan du dément est tout près de réussir, mais le Capitaine James T. Kirk parvient à empêcher l'ex-Officier de s'emparer de l'Enterprise, bien que Garth ait pris son apparence.

En 2269, l'Enterprise désamorce une autre situation explosive à son arrivée à Stratos, superbe cité sise dans les nuages au-dessus de la planète Ardana. Stratos est en proie à des actes de terrorisme perpétrés par un groupe de Troglytes, habitants de la planète soumis à de terribles conditions d'existence dans les mines de zénite. Kirk et Spock apprennent que les Troglytes souffrent des effets délétères du gaz de zénite, les Officiers de Starfleet résolvent le confit en veillant à ce que tous les mineurs soient équipés de masques.

En 2287, une prise d'otages se produit sur Nimbus III, alias « la Planète de la Paix Galactique ». Des Ambassadeurs venus de la Terre, de Qo'noS et de Romulus sont retenus par le Vulcain Sybok. L'USS Enterprise NCC-1701-A échoue à les libérer car les captifs, soumis à un lavage de cerveau par Sybok, aident celui-ci à prendre le contrôle du vaisseau. Sybok finira par redonner à Kirk les rênes de l'Enterprise.

En 2366, le Capitaine Jean-Luc Picard et le Dr Beverly Crusher de l'USS Enterprise NCC-1701-D sont enlevés par des membres d'un mouvement séparatiste de Rutia IV, l'Ansata. Les terroristes veulent entraîner la FUP dans le conflit, mais la collaboration de l'équipage de l'Enterprise avec le personnel de sécurité Rutien anéantira leur plan.

En 2369, l'Enterprise déserté pour cause de décontamination baryonique est infiltré par des terroristes qui tentent de s'emparer de la résine de trilithium contenue dans les moteurs. L'équipage et d'autres Officiers sont capturés par des membres du même groupe. Par chance, Picard fera échouer les projets des terroristes

En 2372, le Commander Benjamin Sisko est tout près d'être tué avec quatre de ses Officiers à bord du Runabout Orinoco, saboté par la Vraie Voie, ce mouvement séparatiste Cardassien tient la FUP pour responsable des maux qui accablent Cardassia depuis l'invasion Klingonne. Les terroristes assassinent deux dignitaires Bajorans et tentent d'abattre Shakaar Edon, Premier Ministre de Bajor.

En 2370, des colons de la Fédération dont les mondes se retrouvent en territoire Cardassien à la suite du traité conclu entre la FUP et Cardassia répliquent contre cet abandon en fondant le Maquis qui lancera des attaques terroristes contre les Cardassiens et Starfleet. De nombreux officiers de Starfleet  dont le Lt/Cder Calvin Hudson, le Cder Chakotay ou les Lts Thomas Riker et Ro Laren quittent leur poste pour se joindre aux rebelles. D’autres tel Michael Eddington Officier de Deep Space Nine conspire avec le Maquis tout en conservant leurs fonctions dans Starfleet.

En 237l Thomas Riker est appréhendé et remis aux autorités Cardassiennes après avoir dérobé l’USS Defiant NX-74205 dans le cadre d’une opération du Maquis contre les Cardassiens dans le système d’Orias.

En 2372 Eddington organise le vol de douze réplicateurs industriels destinés à Cardassia Prime. La même année, décision est prise de priver de sa citoyenneté tout ressortissant de la FUP impliqué dans les activités du Maquis.

Ce dernier continue de faire peser une menace sur Starfleet jusqu'à l’alliance de l’Union Cardassienne avec le Dominion, puis il est pratiquement annihilé par les Jem’Hadar…

Néanmoins les services secrets de STSF précisent que des groupes de résistants du Maquis ont survécus…