Le Commander Benjamin Sisko regagne Deep Space Nine avec une surprise pour le Dominion : le Defiant NX-74205, vaisseau de guerre prototype conçu pour combattre les Borgs. Sisko a reçu l'ordre de se servir du Defiant pour aller dans le Quadrant Gamma afin de découvrir les Fondateurs et de les convaincre du fait que la Fédération ne représente pas une menace pour eux.
Les Romuliens, acceptant pour une fois de coopérer avec la Fédération, ont équipé le vaisseau d'un dispositif d'occultation, dont le fonctionnement sera assuré par le Sous-Commander T'rul. Par ailleurs, Starfleet a désigné son propre Chef de la Sécurité pour la station. Odo, qui se juge offensé, fait part à Sisko de son intention de démissionner, mais le Major Kira le persuade de se joindre à leur mission.
Dès que le Defiant atteint le Quadrant Gamma, Sisko actionne le bouclier et met le cap sur Karemma, la planète où le Ferengi Quark a négocié une concession de vin de tulaberry.
Une patrouille du Jem'Hadar semble avoir détecté le vaisseau : Sisko coupe les moteurs de distorsion et l'alimentation générale. Après une interminable attente, les spationefs du Jem'Hadar repartent.
Les Karemmas ne savent même pas si les Fondateurs existent, mais, avec l'aide de Quark, Sisko parvient à les convaincre de lui fournir les coordonnées du relais subspatial qu'ils emploient. Le Defiant et Quark partent chacun de leur côté.
Jadzia Dax et le Chef Miles O'Brien se téléportent sur la station-relais, ils trouvent rapidement la direction de ses émissions. Mais, avant qu'ils n'aient eu le temps de regagner le vaisseau, un champ de force apparaît autour de la station et le Defiant décèle l'approche d'une patrouille du Jem'Hadar. Sisko est contraint de quitter les lieux.
Pendant ce temps, Odo devient de moins en moins coopératif. Il explique à Kira qu'il est animé par un désir irrépressible d'aller vers la nébuleuse d'Omarion. Soudain, le Defiant est attaqué et subit de graves avaries. Le Jem'Hadar ne tarde pas à passer à l'abordage.
Dans la confusion qui s'ensuit, Kira est blessée. Odo l'amène jusqu'à une navette. Elle revient à elle près d'une planète de la nébuleuse d'Omarion, où Odo découvre un lac étrange : à leur grande stupeur, une partie du lac prend une apparence humanoïde... et accueille Odo chez lui.
La métamorphe tend la main à Odo : leur contact provoque une fusion. Sisko et Bashir se sont enfuis de l'USS Defiant à bord d'une navette. Ils se dirigent vers le vortex et sont bientôt secourus.
Pendant ce temps, la métamorphe annonce à Kira qu'elle ne peut la laisser émettre de sa planète, car ici l'on a appris à se méfier des humanoïdes.
Sisko est accueilli par l'Amiral Nechayev. Dax et O'Brien ont été découverts par le Jem'Hadar, qui les a conduits aux Fondateurs. Ces derniers sont venus négocier un traité. Sisko fait la rencontre d'un Vorta, qui prétend être l'un des Fondateurs. T'rul dit à Bashir que !es Romuliens ont été exclus des négociations.
Kira essaie d'envoyer un message de la navette, mais une source d'énergie souterraine provoque des interférences. Odo s'enquiert auprès de la métamorphe de l'aversion des Fondateurs pour les humanoïdes. Elle lui révèle que ceux-ci ont jadis persécuté son peuple, puis fusionne de nouveau avec Odo, totalement cette fois. Kira découvre ia source des interférences, située derrière une porte verrouillée.
A bord de Deep Space Nine, un soldat du Jem'Hadar agresse O'Brien, mais la sécurité de Starfleet le laisse partir dans l'impunité. Dax apprend qu'elle est affectée au Lexington. Sisko va s'en plaindre auprès de Nechayev, l'Amiral lui annonce que la Fédération cède Bajor et le Vortex Bajoran au Dominion.
Bajor conclut une alliance avec les Romuliens. T'rul est tué, Sisko et ses officiers décident alors de désobéir aux ordres. Ils prennent les commandes d'un runabout et tirent des torpilles à photons dans le Vortex.
Dans le Quadrant Gamma, Odo aide Kira à ouvrir la porte, derrière laquelle ils trouvent l'équipage du Defiant, détenu dans un laboratoire. Un Vorta explique qu'ils se livrent à des expériences pour déterminer la façon dont leurs prisonniers réagiront face au Dominion.
La métamorphe apprend à Odo que les Korrigans ne sont autres que les Fondateurs : horrifié, Odo se dresse alors contre les siens.
Comme nul Korrigan n'a jamais fait de mal à un autre, la métamorphe le laisse ramener ses amis et le Defiant dans le Quadrant Alpha. En la regardant rejoindre les autres Korrigans, Odo, songeur, réfléchit au bonheur dont il se prive.
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