Les vaisseaux de Starfleet utilisent un contrôle informatique pour gérer un maximum de systèmes. Un équipage expérimenté est bien entendu généralement nécessaire pour exécuter la maintenance de routine et les différents diagnostiques ainsi que pour corriger les problèmes pouvant survenir au niveau des différents matériels, mais un vaisseau spatial peut parfaitement fonctionner en automatique et ce pendant une longue période.

En 2285, à bord de l'USS Enterprise NCC-1701, le Commander Montgomery Scott modifie les systèmes en conséquence, permettant au Capitaine James T. Kirk et à son équipage réduit aux officiers de passerelle de voler le vaisseau et de le maitriser malgré leur nombre réduit.

D'après Scotty, "le système est tellement simple qu'un chimpanzé assisté de deux stagiaires pourrait le faire"

Les problèmes apparaissent cependant, quand le vaisseau est pris dans un combat contre un Oiseau de Proie Klingon. Les boucliers sont dans l'incapacité d'être levés à cause de la lourde charge qui pèse sur le système d'automatisation et un tir de torpille providentiel pour les Klingons met hors circuit le mécanisme dans son ensemble.

Deux ans plus tard, l'USS Enterprise NCC-1701-A est envoyé dans la Zone Neutre, alors qu'il n'y a à son bord qu'un équipage réduit. Les systèmes automatiques étant toujours de même conception, ses problèmes doivent être résolus en route.

Une autre vaisseau portant ce nom, l'USS Enterprise NCC-1701-C , voit la plupart des membres de son équipage tués alors qu'ils défendent un avant poste Klingon sur Narendra III attaqué par les Romuliens en 2346.

Beaucoup d'Officiers Seniors sont tués. La bataille crée une brèche temporelle dans laquelle l'Enterprise est aspiré, altérant la ligne du temps dans l'avenir.

Le vaisseau doit réintégrer la bataille pour restaurer l'histoire, mais le Capitaine Rachel Garret meurt dans le futur altéré, forçant le Lieutenant Richard Castillo à prendre les commandes. L'OPS ne peut lui apporter qu'un support limité et le staff de l'Ingénierie est fortement réduit. Il bénéficie cependant du transfert du Lieutenant Tasha Yar issue du futur USS Enterprise NCC-1701D. Son travail à la station tactique permet au vaisseau de retrouver sa place dans l'histoire.

Au début des années 2360, les progrès en automatisation permet à l'Enterprise NCC-1701-D et ce malgré sa taille imposante, de pouvoir être opérationnel, même avec un très petit nombre de membres d'équipage.

Quatre Binaires sont capables de pirater le vaisseau en 2364 et de le piloter sans aucune aide, jusqu'à leur planète mère, Bynaus, en plaçant le vaisseau sous le contrôle de l'ordinateur central.

En 2369, l’Enterprise se trouve avec à son bord un équipage réduit de manière drastique lorsque la majorité des Officiers Seniors partent en away-team à la recherche du Lieutenant-Commander Data, porté disparu.

Le vaisseau est placé sous le commandement du Docteur Beverly Crusher qui doit faire face à une attaque d'un vaisseau Borg. De plus, elle a sous ses ordres un équipage inexpérimenté et dont beaucoup connaissent encore mal leurs fonctions. Néanmoins, ils parviennent à travailler ensemble et Beverly Crusher mène l'Enterprise à sortir vainqueur de la bataille.

Le Docteur Crusher s'était déjà trouvée aux Commandes de l'Enterprise deux ans auparavant, en 2367, lorsqu'elle se retrouve prisonnière d'une bulle Warp.

L'équipage de cette réplique de l'Enterprise, issu des pensées de Crusher, diminue progressivement, reflétant les pensées de Beverly au moment où la bulle Warp avait été créée. Finalement, il ne reste plus que Beverly et le Capitaine Jean Luc Picard pour piloter le vaisseau dans la logique de la bulle.

En 2374, l'USS Voyager, se trouvant très loin de la Fédération est également forcé d'opérer avec un équipage réduit aux commandes, les membres de l'équipage disparaissant à l'intervalle de 9 minutes et 20 secondes, remplacés par les représentants d'une race appelée Nyriens qui tentent de prendre le contrôle du vaisseau.

Tous les systèmes essentiels du vaisseau doivent être arrêtés progressivement, les membres d'équipage restant étant transférés à la sécurité. Les ponts, 11 à 15, sont complètement fermés mais les efforts pour limiter les mouvements des Nyriens échouent, accroissant la vulnérabilité de l'Intrepid.

Mais c'est au moment où les Nyriens croient prendre le contrôle que le Commander Chakotay et l'Enseigne Gennaro reprennent les commandes du vaisseau.

Le Voyager est amené à faire face régulièrement à des manques d'effectifs, en commençant par la perte d'un certain nombre de membres de l'équipage lorsque l'Intrepid est projeté dans le Quadrant Delta par le Pourvoyeur en 2371. Un nouvel équipage est composé en incorporant à l'ancien, l'équipe maquisard de Chakotay.

Le Capitaine Janeway doit, plus tard, maintenir le vaisseau avec un équipage réduit dans la chronologie parallèle, nommée l’Année de l’Enfer. De nombreux membres d'équipage sont sérieusement blessés durant les attaques incessantes lancées par l'Imperium Krenim et finalement Janeway est contrainte d'évacuer le vaisseau via les escape-pods. Huit officiers seniors restent à bord afin de maintenir les systèmes défaillants, l'abandonner laisserait le vaisseau à la merci de n'importe quelle espèce de passage.

Au cours de 2374 l'équipage est affecté par une forme de rêve qui les empêche de se réveiller. Durant cette phase, qui durera deux jours, tous les systèmes du vaisseau fonctionnent en automatique.

Divers problèmes font surface lorsque le vaisseau doit fonctionner avec un équipage réduit durant de longues périodes, du fait que de plus en plus de systèmes demandent une maintenance de routine effectuée ordinairement par un équipage au complet.

C'est le cas de l'USS Voyager, lorsque son équipage doit être placé en stase afin de pouvoir effectuer la traversée d'une nébuleuse de classe Mutara, en 2374. Le vaisseau reste sous le contrôle de deux membres de l'équipage uniquement, le HMU et Seven of Nine. Ils sont chargés de réguler tous les systèmes du Class Intrepid, de rectifier les éventuels changements de cap ainsi que de maintenir et surveiller les paramètres physiques de l'équipage en stase. Seven développe un ordre du jour efficace qui implique la prise d'un complément nutritionnel, la check-list de diverses stations de la passerelle et de l'ingénierie.

Elle assure également l'entretien des divers systèmes informatiques et mécaniques du vaisseau lorsque la nébuleuse commence à avoir sur eux des effets délétères et les tâches s'intensifient durant les quatre semaines que dure la traversée de la nébuleuse. La situation se complique encore, par le fait qu'après avoir vécu de nombreuses années au sein du Collectif Borg, elle se retrouve dans une solitude extrême. Mais finalement, c'est sous son commandement que l'USS Voyager et son équipage négocieront avec succès cette traversée délicate.

En 2374, le navire Académique USS Valiant NCC-74210 après que son équipage Senior sous le Commandement du Capitaine Ramirez ait été tué lors d'un combat contre un vaisseau Cardassien, continue de fonctionner pendant 8 mois, avec un équipage réduit, composé uniquement des Cadets de l'Escadron Rouge dirigé par le nouveau Capitaine, Tim Watters, jusqu'à ce qu'une grave erreur de jugement ne scelle leur destin.

La même année, un commando Romulien, élimine le micro équipage de l'USS Prometheus et en prend le contrôle.

Cette poignée d'Officiers Romuliens navigue avec succès jusqu'aux frontières de l'Espace Romulien et déploient le mode d'assaut multivectoriel révolutionnaire du prototype pour repousser les vaisseaux de Starfleet qui les poursuivent.

Par deux fois, au début de l’année 23701, le Capitaine Benjamin Sisko, reste sur la station Spatiale Deep Space Nine avec un équipage réduit. Sisko et son petit groupe d'Officiers parviennent à empêcher le groupe terroriste Bajoran, connu sous le nom "Le Cercle" de s'emparer de la station.

Peu après, ils maintiennent la station en fonction, pendant l'évacuation du personnel et des occupants suite à une violente explosion de plasma, cependant DS9 est de ce fait très vulnérable aux attaque du Trill Verad et des ses complices qui tentent de profiter de l'occasion.